水稻抗白叶枯病基因xa31t的精细定位及2个候选基因的比对分析-fine mapping of rice bacterial wilt resistance gene xa31t and comparative analysis of two candidate genes.docxVIP

摘要水稻是世界上最重要的粮食作物之一，由革兰氏阴性菌黄单胞杆菌(Xanthomonasoryzaepv.Oryzae，Xoo)引起的白叶枯病是水稻最严重的病害之一。开发和合理利用抗性品种是控制这些病害最经济安全的手段。迄今为止，已报道的抗水稻白叶枯病基因38个(其中26个显性基因，12个隐性基因)。本实验室在云南地方品种扎昌龙（ZCL）中发现一个新的白叶枯病抗性基因Xa31(t)，初定位于水稻4号染色体C600和G235两个RLFP标记之间，大约100kb。在此基础上，本研究对Xa31(t)进一步精细定位，对其候选基因进行筛选与分析。主要结果如下：1.根据白叶枯病抗性基因Xa31(t)前期定位的结果，以水稻品种日本晴序列为参考序列，分别与9311，广陆矮，嘉平中4号染色体C600和G235之间相应的序列进行BLAST比对分析，选择具有多态性的序列位点，用Primer3.0设计了128对引物，筛选出4个InDel标记和2个SNP标记。2.构建了含有294株的F2代群体和286株的F3代分离群体（抗病亲本ZCL，感病亲本IRBB1）等遗传作图群体。利用筛选出的4个InDel标记和2个SNP标记进一步精细定位，将白叶枯病抗性基因Xa31(t)限定于分子标记NG1与ZC4之间，大约34kb范围内。3.以日本晴基因组序列为参考，用生物信息学方法，对白叶枯病抗性基因Xa31(t)所在区域内约34kb序列进行分析，预测得到2个功能候选基因。据此设计的引物分别对感病亲本和抗病亲本DNA进行长片段PCR扩增，克隆得到的2个候选基因，基因序列和编码蛋白序列的比对分析表明，抗病亲本扎昌龙中的其中1个候选基因编码区较感病的缺失16.4%，主要差别位于其编码蛋白羧基端的LRR结构域。关键词：抗性基因；水稻白叶枯病；精细定位；候选基因AbstractRiceisoneoftheworldsmostimportantfoodcrops,bacterialblightcausedbyGram-negativebacteria,Xanthomonas(Xanthomonasoryzaepv.Oryzae,Xoo)isoneofthemostdevastatingdiseasesinriceproduction.Developingandrationalusingofresistantplantstocontrolthediseaseisthemosteconomicandsafestmeans.Uptonow,thereareatleast38reportedricebacterialblightresistancegenes(26dominantgenesand12recessivegenes).OurlaboratoryhasdiscoveredanewresistancegenenamedXa31(t)fromZhaChangLong,aregionalricevarietyfromYunnanprovinceinsouthwestChina.Itwasmappedonricechromosome4,betweenthemolecularmarkers,G235andC600,withthephysicaldistanceabout100Kb.TheaimofthisresearchistofurthermakeafinemapofXa31(t)andtocloneitscandidategenes.Themainresultsareasfollows:AccordingtothesequenceintheregionofresistancegeneXa31(t)locatedintheNipponbaregenomics(Oryza．SativaL．SPP．JaponicacvNipponbare),BLASTanalysisinthesequencebetweenthemarkers,C600andG235,locatedinthechromosome4of9311,GuangLuAiandkahei,respectivelywascarriedout.128pairsofPCRprimersbyPrimer3.0basedonnohomologysequenceorlowhomologysequenceweredesigned,and4pairsofInDeland2pairsofSNPpolymorphicPCRmolecularmarkerswerefinallyselected.AF2populationwith294individualplantsandaF3segregatingpopulation(theresistanceparent