水稻基因和srna表达数量性状位点研究与调控网络构建分析-study on quantitative trait loci of rice gene and srna expression and analysis on construction of regulatory network.docx

华中农韭大学学位论文独创性声明及使用授权书学位论文否如需保密，勰密融闰年月目是否保密IIIIlllHlllllllllllllllllHIlillll独创性声明Y2565509IH本人声明所呈交的论文建我个人在导炜指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别魏以标注和致谢的地方外，论文中举包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得华中农业大学或其他教肖机构的学位或证书丽使用过的材料，指导教耀对此进行了审定。与我一同工作的同志对本研究所做的任傅贡献均已在论文中做了翳确的说明，并表示了谢意。研究生签名：≥1乏．时闻；加／乒年f月2尹日’l学位论文使用授权书名：即乏。翩签名裂2疋签名日期：伽，尹年歹月彳日签名日期：M，乡年，月7曰注：请将本表壹接装订在学位论文的扉页和目录之闯水稻基因和sRNA表达数量性状位点研究与调控网络构建目录中文摘要。iABSTRACT。v缩写名词表1前言11．1研究问题的由来11．2表达数量性状位点概述31．3表达性状分析81．3．1芯片技术．81．3．2第二代测序技术．91．4eQTL定位群体lO1．4．1双亲本群体101．4．2多亲本群体111．4．3自然群体121．5eQTL定位方法131．5．1连锁分析131．5．2关联分析141．6表达调控网络．161．6．1调控网络的概述161．6．2运用eQTLs进行网络构建．171．7eQTL和表型变异191．8系统生物学研究．201．8．1eQTL时空分析一201．8．2运用QTL进行系统生物学研究一201．9sRNA的特征211．9．1sRNA分类．221．9．2sRNA生物合成231．9．2．1sRNA前体的转录24华中农业大学2014届博士研究生学位论文1．9．2．2前体加工、成熟到沉默复合体的装载．251．9．2．3sRNA循环与降解261．9．3sRNA与杂种优势一271．10本研究的目的和意义292材料与方法302．1实验材料一302．2芯片样品准备一302．2．1发芽72h样品302．2．2见穗期剑叶样品312．2．3平展期剑叶样品332．3芯片杂交．．332．4文库构建和测序．．342．4．1RNA-seq342．4．2sRNA·seq．342．4．3全基因组甲基化测序342．5数据预处理分析．．352．5．1芯片数据处理352．5．2测序数据处理352．5．2．1sRNA测序数据处理352．5．2．2表达谱测序数据．362．5．2．3全基因组甲基化测序数据．362．5．3表达数量性状位点定位372．5．3．1发芽三天苗期eQTL定位．372．5．3．2见穗期剑叶eQTL定位．372．5．3．3平展期剑叶eQTL定位．382．5．4传统表型性状定位382．5．4．1苗期性状．382．5．4．2产量与产量相关性状．382．5．5Realtime．PCR分析．39Ⅱ水稻基因和sRNA表达数量性状位点研究与调控网络构建3结果与分析403．1水稻苗期基因表达数量性状位点研究．403．1．1构建高密度遗传连锁图403．1．2表达性状的分布413．1．3eQTL鉴定．．423．1。4eQTL热点的鉴定一453．1．5候选调控子和靶标的表达493．1。6eQTL和表型QTLs513．2水稻见穗期剑叶基因表达数量性状位点研究．533．2．1见穗期剑叶RNA样品检测．533．2．2芯片质量检测543．2．3表达性状分布573．2．4全基因组eQTL定位573．2．5己知基因eQTLs定位结果．．603．2．6trans．eQTL热点．643．2．7比较phQTL和trans-eQTL热点663．2．8鉴定候选主调控子693．2．9整合自然变异材料重测序验证cis—eQTL703．2．10功能相关基因的表达调控网络构建．773．3水稻平展期剑叶sRNA表达数量性状位点研究．893．3．1sRNA的类型和分布．j．-893．3．2永久F2群体中sRNA表达的遗传变异．953．3．3sRNAe．traits和定位到sQTL的sRNAe．traits的分布一973．3．4sRNA表达性状与其相应的母基因的eQTL定位1083．3．5sQTL的效应1123-3．6sQTL在1568个重组bins中分布．1143．3．7miRNAs的遗传变异1214。ijj‘论．．1264．1整合eQTL数据构建调控网络126III华中农业大学2014届博士研究生学位论文4．2利用eQTL筛选phQTL的候选基因1274．3根据eQTL数据揭示发育时期的生物学功能1284．4eQTL定位的瓶颈．．1294．5基因功能的持续性和多效性1304．6构建SNP替换的参考基因组1304．7sRNA表达调控的复杂性一1315总结与展望．1335．1不同发育时期表达水平QT