食管鳞癌组织差异表达基因的筛查分析及分析-screening analysis and analysis of differentially expressed genes in esophageal squamous cell carcinoma.docx

福建医科大学 福建医科大学 2010 级硕士研究生毕业论文 PAGE PAGE 2 GWASs Genome-wide association studys 基因组相关性分析研 究 HRP Horseradish peroxidase 辣根过氧化物酶 IHC Immunohistochemistry 免疫组织化学 M-MLV Moloney Murine Leukemia Virus 莫氏白血病病毒 mRNA messager RNA 信使 RNA NCBI National Center for Biological Information 美国国立生物信息中 心 NEK6 NIMA-related kinase 6 NIMA 相关激酶 6 NIMA Never in mitosis, gene A 脱离有丝分裂基因 A OD value Optical density value 光密度值 Oligo oligonueleotide 寡核苷酸 PBS Phosphate buffered saline 磷酸盐缓冲液 PP-RP proliferation potential-related protein 增值可能相关蛋白 qPCR Quantitative PCR 定量 PCR RDA representational difference analysis 代表性差异分析技术 RNAi RNA interfering RNA 干扰 rpm revolution per minute 周/分钟 RT-PCR Reverse transcription PCR 逆转录 PCR SAGE serial analysis of gene expression 基因表达的系统分析 SAM Significance analysis of microarrays 芯片显著性分析 siRNA small interfering RNA 小干扰 RNA SPSS Statistical Production Service Solutions 统计产品服务解决方 案 SSH suppressive subtractive hybridization 抑制消除杂交法 TAE Tris-Acetate-EDTA Tris-乙酸-EDTA TSGs Tumor suprressor genes 抑癌基因 UICC Uion for Iternational cancer control 国际抗癌联盟 食管鳞癌组织差异表达基因的筛查分析及研究 摘要 目的: 通过基因组学可以动态、整体、定量地观察肿瘤发生发展中基因种类、数量 的改变，结合功能基因组学的研究，依托基因表达谱的生物芯片和生物信息学分 析技术，以期找到食管鳞癌事件进程中起关键作用的基因，并了解其在致食管鳞 癌事件中的可能机制。 方法: 1. 收集外科手术切除的 5 例食管鳞癌和配对 5 例正常食管粘膜新鲜组织标 本，应用 Agilent 公司 Whole Human Genome Microarray 4x44K v2（全基因组表 达谱芯片）检测食管鳞癌和配对食管粘膜全基因组的 mRNA。通过生物医学应 用软件分析找出二者之间的差异表达基因（different expressed genes,DEGs），对 筛查出的差异表达基因分别进行基因本体（Gene ontology, GO）功能富集度分析 和 Pathway 功能分析，寻找与食管鳞癌发生发展相关的基因，初步构建通过特定 基因表达对肿瘤发展控制和治疗的理论依据。 2. 应用 Realtime PCR 和免疫组织化学方法从 mRNA 水平和蛋白质水平对候 选基因之一 NEK6 在食管鳞癌和配对正常粘膜组织的差异表达进行验证。组织基 因表达谱芯片结合实时荧光定量方法及免疫组化方法检测候选基因 NEK6 在 30 例食管鳞癌及配对正常粘膜组织、94 例食管鳞癌石蜡标本的表达，应用统计学 方法对候选差异表达基因 NEK6 表达状态与临床病理参数（如肿瘤浸润深度、组 织分化、淋巴结转移、临床分期）及预后关联性进行分析。 结果: 1. 五例食管鳞癌组织及配对食管正常粘膜组织相比较，所得基因表达谱芯片 数据通过 SAM 软件定义（癌）/（正常）表达倍数≥2 且 q＜0.05 的为差异表达 基因，筛得 1362 个差异表达基因，其中 444 个上调表达、918 个表达下调。选 择一个候选食管鳞癌组织中高表达基因 NEK6 进行验证和临床病理分析研究。 2. Realtime PCR 结果显示，与配对正常粘膜组织相比 30 例食管鳞癌病人中 有 20 例 NEK6 mRNA 表达上调，其平均表达水平约为 5.