人组蛋白去乙酰化酶11克隆表达与生物信息学分析.docVIP

人组蛋白去乙酰化酶11的克隆表达与生物信息学分析 　　摘 要： 为深入研究人组蛋白去乙酰化酶11（HDAC11）与其他家族成员的差异，对HDAC11进行克隆表达和生物信息学分析。首先利用PCR 扩增目的片段，将其克隆到原核表达载体pGEX-6P-1中，重组质粒pGEX-6P-1-hdac11在大肠杆菌BL21（DE3）中经IPTG诱导表达，表达产物通过SDS电泳进行鉴定，结果表明HDAC11在大肠杆菌中有表达，但主要以包涵体的形式存在。利用生物信息学软件对HDAC11的氨基酸序列、理化性质、二级结构等进行分析，结果表明HDAC11为稳定中性蛋白，α-螺旋和无规卷曲为其主要二级结构元件，有多个磷酸化位点。 　　 关键词：组蛋白去乙酰化酶11 克隆 表达 生物信息学 　　Cloning、Expression and Bioinformatics Analysis of Histone Deacetylase 11 in Human 　　Fu Chenzeng Cai Lina Xu Wanling 　　（Luohe Medical College， Luohe， Henan Province 462000） 　　 Abstract： In order to study the differences among the HDAC members ，the human hdac11 gene was cloned and analyzed by bioinformatics methods. The sequence encoding the mature protein was amplified by PCR， cloned into the pGEX-6P-1 vector and expressed in E scherichia coli BL21（ DE3）. SDSanalysis showed that the fusion protein was 65kDa and unsoluble. we also use bioinformatic methods to analyse and predict the amino acid sequence、physical and chemical properties、secondary structure etc. Results show that HDAC11 is a stable and neutral protein; Random coil and α-helix are the main components of its secondary structure; Besides that， it also contains some phosphorylation sites. This study provided clues for further structural analysis and functional studies of HDAC11. 　　 Key words： HDAC11;cloning;expression;bioinformatics 　　 中图分类号：Q78 文献标识码：A 文章编号：1003-9082（2016）02-0290-03 　　乙酰化是组蛋白共价修饰的一种方式。可逆的组蛋白乙酰化修饰发生在核心组蛋白N端的赖氨酸残基上，分别由组蛋白乙酰基转移酶（HAT）和组蛋白去乙酰化酶（HDACs）催化完成。HAT提高乙酰化水平，相反的HDACs则降低乙酰化水平[1]。HDACs是一个大家族，在哺乳细胞中已发现18个成员，根据其与酵母蛋白同源性被分为四类[2]。Ⅰ类HDACs包括HDAC1-3和HDAC8，与酵母蛋白Rpd3同源， 主要存在于细胞核中，在各种组织细胞中都有表达[3]。Ⅱ类HDACs包括HDAC4-7， HDAC9和HDAC10，与酵母蛋白Hda1 同源，穿梭于细胞质和细胞核之间，只在部分组织中有表达[4]。Ⅲ类HDACs与酵母蛋白Sir2同源，被称作Sirtuins。成员有7个：SIRTl-SIRT7[5]， 在细胞核和细胞质中都存在。HDAC11是Ⅳ类HDAC的唯一成员[6]。Ⅰ类、Ⅱ类和Ⅳ类HDAC被称作经典HDACs，经典HDACs和Sirtuins催化机制不同：经典HDACs为锌离子依赖性蛋白[7]，Sirtuins为尼克酰胺腺苷酸（NAD）依赖性蛋白[8]。除了组蛋白外HDACs也能作用于非组蛋白，比如转录因子[9]，从而间接影响这些转录因子所调控的基因的表达，因此HDACs在调控多种细胞进程中扮演了重要角色。相关研究表明，HDACs与癌症的发生