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Alignment of alignments, AA算法 假设：有两个多重序列比对?1、?2， ?1代表序列s1、s2、…、si的多重比对， ?2代表序列t1、t2、…、tj的多重比对， （s1，s2，…，si）?（t1，t2，…，tj）=? ?代表s1和t1的两两比对，则计算与?相一致的?1和?2比对的算法如下 ： （1）标定?1的各列，如果s1在比对中对应位置的编辑操作不是插入或删除，则这些列分别标记为s1对应位置上的字符a1、a2、…、als1（ls1为序列s1的长度）； （2）标定?2的各列，如果t1在比对中对应的位置编辑操作不是插入或删除，则这些列分别标记为t1对应位置上的字符b1、b2、…、blt1（lt1为序列t1的长度）； （3）对a1、a2、…、als1和b1、b2、…、blt1进行比对； （4）在所得到的比对中，对于?1、?2和?中原来有插入或删除操作的位置，恢复其原有的实际字符或空位字符“-”。 * jjjkk 例： ?1: s1 -H-LVV ?2: t1 L-HCLV ?：s1 -H-LVV s2 G-VLVC t2 VLHCL- t1 LHCLV- s3 GN-LVV AA算法的输出为 --H--LVV -G--VLVG -GN--LVV L-HC-LV- V-HC-L— 分别对第1、2列和4、5列进行压缩，则最后结果为 —H—LVV G—VLVG GN—LVV LHCLV- VHCL-- * jjjkk 对于n个序列的树形比对的基本算法过程如下： （1）初始化，对于每个序列，生成一个叶节点 （2）利用AA算法合并两个节点，形成一个新节 点，合并的结果放在新节点中，原来的两 个节点作为新节点的子节点 （3）反复执行（2），直到形成n个叶节点的树 根为止，根节点中的序列即为最终的多重 比对结果。 s1 s2 s3 s4 α1 α2 α * jjjkk * kkkkk ggggg * kkkkk ggggg * kkkkk ggggg * kkkkk ggggg * kkkkk ggggg * kkkkk ggggg * kkkkk ggggg * kkkkk ggggg 东南大学 吴健雄实验室 * jjjkk 第三节 序列多重比对 * jjjkk 目的： 发现多个序列的共性 发现与结构和功能相关的保守序列片段 设：有k个序列s1, s2, ... ,sk，每个序列由同一个字母表中的字符组成，k大于2。 通过插入操作，使得各序列达到一样的长度。 * jjjkk 1、SP（Sum-of-Pairs）模型 评价多重序列比对的结果 * jjjkk 按照每个对比的列进行打分，然后加和 处理每一列： — k个变量的打分函数 — 用一个k维数组来表示该显式函数（类似于打分矩阵） 期望： 函数在形式上应该简单 具有统一的形式 不随序列的个数而发生形式变化 * jjjkk 其中，c1,c2,…,ck是一列中的k个字符，p是关于一对字符相似性的打分函数。 逐对加和SP（sum-of-pairs）函数 逐对计算p(1,2)，p (1,3)，...，p(1,8)，p (2,3)，p(2,4)，...， p (2,8)，...，p (7,8) 的所有得分 （-7-6-5-4-3-2-1）+2 = -26 * jjjkk 另一种计算方式：先处理每一个序列对 在处理序列对时，逐个计算字符对，最后加和 则SP得分模型的计算公式如下： ? 是一个多重比对 ?ij是由?推演出来的序列s i 和s j的两两比对 * jjjkk * jjjkk 2、多重比对的动态规划算法  多重序列比对的最终目标是通过处理得到一个得分最高（或代价最小）的序列对比排列，从而分析各序列之间的相似性和差异。 * jjjkk  前趋节点的个数等于2k - 1 * jjjkk  假设以k维数组A存放超晶格，则计算过程如下： a[ 0, 0, … ,0 ] = 0 a[ i ] = max {a[ i - b ] + SP-score(Column(s, i, b))} (3-37) (3-38) if bj = 1 if bj = 0 * jjjkk  图3.17 三维晶格节点计算依赖关系 问题： 计算量巨大 时间复杂度为O(2k?i=1,...,