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可变剪接理论工作研究进展 　　摘要：pre-mRNA的可变剪接是调控真核生物基因表达以及蛋白质多样性的重要机制，使得可变剪接与组织分化或疾病发生有密切联系。从序列水平和表达水平对可变剪接的理论工作研究进展做了介绍，主要由相关数据库和常见的生物信息学方法两部分组成。 　　关键词：可变剪接；理论预测；研究进展；数据库；生物信息学方法 　　中图分类号：Q343.1 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2016）04-0820-05 　　DOI：10.14088/ki.issn0439-8114.2016.04.002 　　Research Progress of Theoretical Work about Alternative Splicing 　　LIANG Donga，b 　　（a.Institute of Bioengineering and Technology，b.School of Mathematics Physics and Biological Engineering/Inner Mongolia Key Laboratory of Biomass-Energy Conversion，The Institute of Bioengineering and Technology， Baotou 014010， Inner Mongolia， China） 　　Abstract： The alternative splicing of pre-mRNA plays an important role in regulation of eukaryotic gene expression and diversity of protein， which made a close relation between alternative splicing and tissue differentiation or occurrence of disease. Then， this paper gives the introduction about research progress of theoretical work of alternative splicing from sequence level and expression level， which mainly is divided into relative database and common Bioinformatics Method. 　　Key words： alternative splicing； theoretical prediction； research progress； database； bioinformatics method 　　可变剪接是mRNA前体经过不同的剪接方式，形成不同的剪接异构体，最终产生不同成熟mRNA的过程。在基因可变剪接中，经过调控元件和剪接因子的相互作用，相关外显子跳跃或者保留，形成不同的组合，进而产生不同的成熟mRNA和蛋白产物[1]。所以，可变剪接可以调控基因功能，影响组织表型而产生疾病[2]，例如神经系统的发育和程序性细胞死亡[3，4]。研究表明，大约90%的人类基因会发生可变剪接，极大地增加了蛋白质的多样性[5，6]。 　　由于试验研究周期较长，花费较大，所以通过生物信息学方法可变剪接具有独特优势。从pre-mRNA序列水平分析，主要涉及剪接信号和剪接因子结合位点的预测。从基因表达水平分析，主要涉及外显子表达水平变化。表达数据主要有传统的表达序列标签（EST）、基因芯片和RNA-seq。EST是从一个随机选择的cDNA克隆进行5′端和3′端单一次测序获得的短的cDNA部分序列，代表一个完整基因的一小部分。基因芯片是通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，即在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针，与待测核酸序列互补匹配。RNA-Seq利用高通量测序技术对组织或细胞中所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序，通过统计相关（Reads）数计算出不同RNA的表达量，发现新的转录本[7]；目前表达分析的趋势是RNA-Seq技术，主要原因是RNA-Seq作为一个“开放系统”，可分别检测有参考序列和无参考序列的转录组，进一步可发现和寻找新的信息[8]。 　　1 相关数据库 　　通过文献调研，收集了在序列水平上进行可变剪接理论工作所需的相关数据库，见表1。 　　在表达水平上进行可变剪接理论工作主要用到以下数据库：GEO、ArrayExpress和SRA（表2）。 　　GEO数据库（Gene Expression Omnibus，http：//