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- 2018-08-28 发布于福建
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基于KMeans聚类微生物群落结构研究
基于KMeans聚类微生物群落结构研究
摘要:
随着宏基因组学的不断发展,揭示了微生物菌群在研究中的重要作用。采用K-Means聚类算法对来源于北平顶猴阴道微生物群落OTUs数据集的27个样本进行研究,并与PCA主成分分析法进行对比。K-Means聚类将OTUs数据集分成4个Cluster,而PCA将OTUs数据集划分成5个Cluster。此外,结合样本的元数据-pH,发现样本间的pH值相似性更能与K-Means聚类的分类保持一致。相较于PCA主成分析方法,K-Means聚类能更精确地对OTUs数据集进行分类。
关键词:
K-Means聚类;PCA主成分分析法;微生物群落结构;OTUs数据集
DOIDOI:10.11907/rjdk.172732
中图分类号:TP319
文献标识码:A文章编号文章编号:1672-7800(2018)001-0146-03
Abstract:The development of macrogeome has shown that microbial flora plays an important role in the research and development of many aspects. A total of 27 samples from the OTUs data collecti
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