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基于分子信标与非门改进模型 　　摘要：近年来，DNA计算在各个领域得到了广泛应用，基于分子信标的布尔电路成为其中一个热门研究方向。提出了一种用纳米金代替传统有机染料的新的基于分子信标的与非门模型，与已有模型相比，该模型结果更可靠，反应更灵敏。 　　关键词：DNA计算；纳米金；分子信标；与非门 　　中图分类号：TP3-05 　　文献标识码：A 文章编号：1672-7800（2015）003-0038-03 　　0 引言 　　近年来，信息处理已经从电子芯片时代发展到到生物分子时代。20世纪60年代，Feynmam[1]首次提出了分子计算的思想。20世纪80年代，随着人们对分子生物学理论了解的日益加深，分子计算的条件已基本具备。1994年，Leonard M.Adleman[2]用DNA计算解决了有向Hamilton路问题，首次从实验上证明了分子计算机的可行性。1999年，Ogihara等[3]首次提出布尔逻辑分子计算机模型，其基本含义是使用核酸DNA分子来模拟布尔逻辑，从而最终实现以DNA为核心的分子计算机。2003年，Stojanovic等[4]建立了DNA核酸分子逻辑门。同样地，Stojanovic等[5-6]利用DNA分子的碱基配对和双螺旋结构，首次建立了3种DNA逻辑门。2010年，Zhang等[7]利用环状DNA作为亚基，以纳米金作为检测手段，构建了环状DNA逻辑门，该系统中环状DNA作为一个基本单位和线性DNA单链分子被作为输入和输出信号。 　　核酸DNA灵敏度检测在临床生物化学方面一直是很重要的部分。利用荧光探针标记和PCR方法等常规技术检测靶标核酸具有很高的灵敏度，但这些方法存在实验复杂、成本高，样品容易污染等不足[8-10]。本文主要构造了一种新的基于分子信标的核酸逻辑与非门模型，以寡核苷酸链作为输入信号，荧光检测作为输出信号，并用更为灵敏的淬灭剂纳米金代替了传统的有机染料。 　　1 分子信标与纳米金 　　1.1 分子信标 　　“发夹”是单链核酸分子（DNA或者RNA）通过局部互杂交而形成的茎环结构，其中茎部为杂交双链，环部为单链。分子信标本身是一种可以特异性识别核酸序列的荧光探针，它具有“发夹型”结构。自1996年Tyagi和Kramer[11]首次建立分子信标探针以来，其作为一种新型的荧光探针得到了广泛应用和发展。其工作原理如图1所示，中心环区用来与目标DNA结合，两侧茎区是互补结构且两端分别被荧光剂和淬灭剂修饰。当目标DNA与茎环部特异结合后，分子信标两端距离增加，荧光剂和淬灭剂分离，荧光产生。 　　一般而言，分子信标只修饰一个单一的发光基团，通过杂交实现厚荧光信号变化，一种分子信标只可检测一种靶序列，研究分子信标标记的目的在于实现不同的分子信标能够检测多种靶序列。例如，Tyagi等[12]利用4种不同的分子信标进行等位基因检测。这4个信标分子环状区同一位置只有一个碱基组成不同，所连接的荧光基团则分别具有不同的激发波长和发射波长。将这4种分子信标等量混合放入4个试管中，并分别加入靶序列。只有与靶序列完全匹配的分子信标才能发生特异性结合，并在相应激发波长下发射出荧光。但应用这种方法，不同的荧光基团需要不同波长的激发光激发，且发射的荧光也不同，所以需要根据具体的荧光基团采用不同波长的激发光源和在不同的特定波长处采集相应的荧光信号，测定比较困难。 　　1.2 纳米金技术简介 　　纳米金指金的粒径为1～100nm之间的粒子，分散在水溶液或油溶液中，是化学和生物分子的良好支架。采用纳米金作为探针检测DNA一般包括以下4个步骤：①纳米金制备；②烷巯基化寡核苷酸探针的合成和纯化；③3′烷巯基或5′烷巯基标记的寡核苷酸在纳米金颗粒上的修饰；④靶序列的测定。1996年，美国西北大学Mirkin研究组[13-15]利用纳米金与巯基之间能够形成稳定的Au-S键的性质制备了纳米金-DNA符合纳米探针并用于检测DNA。 　　1.3 分子信标与纳米金技术结合 　　分子信标中最常用的淬灭剂是DABCYL，其对多种荧光素都有较强的荧光淬灭效率。但是其对于近红外的荧光染料淬灭效率较低。近年来，Dubertrel等[16]用纳米金粒子簇代替DABCYL，避免了DABCYL的缺陷。他将DNA的3端修饰巯基、5端修饰荧光染料，利用巯基与纳米金志坚的共价吸引力将DNA连接到纳米金上制成探针，同时5端的荧光染料也由于化学键的作用连到纳米金颗粒上，导致荧光染料100%的荧光淬灭。当该探针与互补的靶序列杂交后，5端的荧光染料会从纳米金颗粒上脱离，荧光信号恢复，从而可以用于DNA序列超灵敏检测。 　　2 NAND逻辑门的计算模型 　　2.1 设计原理 　　基于纳米金技术，设计一个基于纳米金分子信标的逻辑门：选择两种DN