樟树5种化学类型叶片转录组分析-遗传.PDF

Hereditas (Beijing) 2014 年 1 月, 36(1): 58 ―68 研究报告 樟树5 种化学类型叶片转录组分析 江香梅, 伍艳芳, 肖复明, 熊振宇, 徐海宁 江西省林业科学院, 国家林业局樟树工程技术研究中心, 南昌 330032 摘要 : 樟树(Cinnamomum camphora )是樟科植物的一个代表种, 具有材用、药用、香料、油用和生态环境建设 等多种用途。叶精油中富含利用价值极高的樟脑、芳樟醇、1,8-桉叶油素、异-橙花叔醇和右旋龙脑等萜类化合 物。依据叶精油中主要成分的种类和含量, 可将樟树划分为脑樟、芳樟、油樟、异樟、龙脑樟5 种化学类型。 文章采用 Illumina HiSeq™ 2000 高通量测序技术, 对 5 种化学类型叶片转录组进行测序, 对测序得到的所有 Unigene 进行GO(Gene Ontology) 、COG(Clusters of Orthologous Groups)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分类, 给出功能注释和Pathway 注释, 并预测Unigene 蛋白编码区(Coding sequence, CDS) 。De novo 组装共获得 156 278 个Unigene, 序列平均长度 584 bp, N50 (覆盖 50%所有核苷酸的最大Unigene 长度)为 1 023 bp 。通过与其他核酸、蛋白数据库的Blast 搜索比对, 共有55 955 条Unigene 获得了基因注释, 占所有Unigene 的35.80%。其中, 有24 717 条Unigene 得到GO 注释, 有21 806 条Unigene 得到COG 注释。KEGG pathways 分析结果表明, 共有3 350 条基因( 10.19%)注释到次生代谢生物合成途径, 其中参与单萜、二萜、倍半萜和萜类 骨架合成的Unigene 有424 个。在单萜合成的代谢通路中, 有 9 条Unigene 可能编码芳樟醇合成酶基因, 且表 达分析结果显示, 芳樟醇合成酶基因在芳樟化学类型中优势表达, 在油樟化学类型中表达水平较低。这些注释 信息的完成为樟树功能基因及相关候选基因的发掘提供了基础数据和重要依据。 关键词 : 樟树; RNA-Seq; 基因注释; 功能分类; CDS 预测 Transcriptome analysis for leaves of five chemical types in Cinna- momum camphora Xiangmei Jiang, Yanfang Wu, Fuming Xiao, Zhenyu Xiong, Haining Xu Camphor Engineering Technology Research Center for State ForestryAdministration , Jiangxi Academy of Forestry, Nanchang 330032, China Abstract: Camphor tree (Cinnamomum camphora) is a representative species in Lauraceae family, and can be subdi- vided into five types: linalool, camphor, cineol, iso-nerolidol and borneol. In this paper, the leaves transcriptomes of Cin- namomum camphora were sequenced with the platform of Illumina HiSeq™ 2000. Based on