石斛属叶绿体DNA序列系统发育和变异位点分析.PDFVIP

中草药 Chinese Traditional and Herbal Drugs 第 48 卷 第 17 期 2017 年 9 月 • 3605 • 石斛属叶绿体 DNA 序列的系统发育及变异位点分析 1 1* 1 1, 2* 钟志敏 ，张桂芳 ，黄 松 ，赖小平 1. 广州中医药大学中药学院，广东，广州 510006 2. 东莞广州中医药大学中医药数理工程研究院，广东，东莞 523808 摘 要：目的 对石斛属叶绿体 IRa （trnV-GAC ～trnR-ACG ）序列进行系统发育和变异位点分析，深入了解石斛属 10 个物种此序列所含 9 个基因的异同，为石斛属植物的系统进化历程及 DNA 条形码的研究作重要探索。方法 用改良试 剂盒法提取石斛属 10 个样本总 DNA ，自行设计引物，采用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction ，PCR ）及 T 载 体对 PCR 产物进行克隆转化，扩增石斛属叶绿体 IRa 序列的 DNA 序列，并与 NCBI 数据库进行序列比对完成序列拼 接；绘制此区域序列的基因结构图，对 10 条目的序列进行差异位点、遗传距离、系统进化关系等分析。结果 目的序 列长约 7 800 bp ，10 条目的序列共存在 55 个差异位点，在基因 trnV-GAC 、rrn16 、trnI-GAU 、trnA-UGC 、orf42 、rrn23 及基因间隔区上分布的个数分别是 1、8、12、6、1、9 和 18 个；系统发育分析将石斛属 10 个样本聚为 4 个类群。结论 建 立了测定石斛属叶绿体 IRa 序列的方法，对石斛属这一序列的系统发育和变异位点分析表明，此区域序列丰富，且较 为集中分布的变异位点将为石斛属 DNA 条形码的进一步研究、石斛属资源的道地性评价及相关的种质资源鉴定提供较 好的理论依据。 关键词：石斛属；叶绿体；IRa 序列；测序；系统进化；变异位点；DNA 条形码 中图分类号：R282.12 文献标志码：A 文章编号：0253 - 2670(2017)17 - 3605 - 07 DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2017.17.024 Phylogenetic and mutation sites analysis on chloroplast DNA sequences in Dendrobium Sw. 1 1 1 1, 2 ZHONG Zhi-min , ZHANG Gui-fang , HUANG Song , LAI Xiao-ping 1. School of Chinese Materia Medica, Guangzhou University of Chinese Medicine, Guangzhou 510006, China 2. Dongguan Mathematical Engineering Academy of Chinese Medicine, Guangzhou University of Chinese Medicine, Dongguan 523808, China Abstract: Objective To analyze the phylogenetic and mutation sites of IRa (trnV-GAC to trnR-ACG) sequence among 10 Dendrobium Sw. samples, to understand the similarities and differences of nine