生物数据递交系统BIGSub快速使用说明.PDFVIP

生物数据递交系统 （BIG Sub）快速使用说明 系统简介 2 用户注册 2 使用指南 4 数据文件上传 5 FTP 上传 5 协助上传 5 1 系统简介 生物数据递交系统（BIG Submission ，BIG Sub ）是大数据中心生物数据统一汇交入 口，借助于单点登录（BIG Single Sign-On ，BIG SSO ）技术，BIG Sub 为用户提供一站式 数据递交服务。目前已集成生物项目数据库（BioProject ）、生物样本数据库（BioSample ）、 组学原始数据归档库（Genome Sequence Archive, GSA ）、基因组数据库（Genome Warehouse, GWH）、基因组变异数据库（Genome Variation Map, GVM）和生物信息工具 库 （BioCode）等数据库的提交接口。 用户注册 请您进入生物数据递交系统（BIG Submission ，BIG Sub ，/gsub/ ） 完成账号注册，建议使用实验室公共邮箱进行注册。如果您在账号注册和使用过程中遇 到任何问题，请联系bigd-admin@ 。 2 3 使用指南 如果用户需要向Genome Sequence Archive 、Genome Warehouse 或Genome Variation Map 等数据库递交数据，当数据样品（Sample）数量＜10个，建议您通过 “在线模式” 进行元数据信息录入，使用FTP 上传方式完成数据上传。这种方式后台审核速度更快， 适合小体量用户，具体流程如下： 当数据样品（Sample）数量≥10个，并希望采用 “离线模式”进行元数据信息批量 导入，请务必联系各数据库工作团队，工作团队会为您提供批量上传表格。同时，为了 方便大体量用户数据上传，除了从本机进行FTP 上传外，您还可选择协助上传方式完成 数据上传，具体流程如下： 如果您在各库数据递交过程中遇到任何问题，请联系各数据库工作组： 数据库名称 工作邮箱 QQ工作组 BioProject BioSample gsa@ 548170081 Genome Sequence Archive Genome Warehouse gwh@ 541196594 Genome Variation Map gvm@ 468638108 4 数据文件上传 FTP上传 请使用 FTP 客户端软件（比如 FileZilla Client）登录 FTP 服务器，用户账号与BIG sub 账号一致。 FTP服务器地址: 注意：用户登录自己的FTP 路径后，先cd 到相应数据库目录下（如：/GSA ，/GWH ， /GVM ）再上传文件。请采用二进制模式上传，如果是用FTP 软件上传，请参考软件说明 进行设置；如果是用FTP 指令上传，请在mput 指令前，先运行binary 指令。 此外，数据上传完毕，并收到您的元数据信息后，后台系统将对你的数据进行相应 的审核，请您耐心等待并密切关注系统和邮箱的情况反馈。 协助上传 考虑到大体量数据递交用户的需求，开启了硬盘寄送和协助上传的绿色通道。请您 联系各数据库工作组，获取批量提交表格并将把数据硬盘寄送给各工作组。 5