北部湾二长棘鲷种群衰退的遗传学分析-水生生物学专业论文.docxVIP

上海海洋大学硕士学位论文 上海海洋大学硕士学位论文 万方数据 万方数据 北部湾二长棘鲷(Parargyrops edita Tanaka)种群衰退的遗传 学分析 摘 要 二长棘鲷是我国南海北部湾底拖网渔业的主要捕捞对象，根据 2011-2014 年 调查统计分析，二长棘鲷渔获量在不同季节占北部湾总渔获物的 3%-20%，最高 渔获量主要出现在冬春季，具有重要的经济价值。近年来北部湾二长棘鲷种群已 呈现出小型化、性早熟等衰退特征，但其资源密度却维持在很高的水平。利用传 统的渔业生物学理论和方法难以完满解释上述现象，因而难以准确判断该种群的 衰退状况。 保护遗传学的理论和方法，从维持种群生存力，决定种群衰退进程的内在因 素角度分析，可以对传统方法的结果进行补充，从而实现对种群衰退状况更清晰、 准确的认识。因此，文章以北部湾二长棘鲷种群为研究对象，开展其种群遗传学 特征分析。首先对二长棘鲷进行微卫星标记开发，并精选出一组最优标记；之后， 使用精选标记对 5 个北部湾二长棘鲷地理群体进行遗传多样性检测，并评价其遗 传多样性特征，分析其种群遗传结构；最后，通过“有效种群大小估算”、“近 亲交配程度检测”、“遗传瓶颈检测”三项检测，对北部湾二长棘鲷种群的衰退 状态进行综合分析。 本研究取得的主要结果如下： 1、二长棘鲷微卫星标记开发 对二长棘鲷基因组进行高通量随机测序，共获得二长棘鲷基因组拼接序列 0.12 Gbp，从中搜索得到侧翼长度≥250 bp 的微卫星序列 292 条。根据微卫星序 列搜索结果设计 PCR 引物 50 对。使用一个二长棘鲷野生群体（样本量 48）对 上述引物进行筛选和种群遗传学评价，结果共有 22 个标记通过筛选，其等位基 因数的分布范围为 2-16，平均值为 6.18；表观杂合度（HO ）的分布范围为 0.245-0.979，平均为 0.555；期望杂合度（HE）的分布范围为 0.226-0.914，平均 为 0.617，经过 Bonferroni 校正后有 4 个标记（PE24、PE40、PE188 和 PE284） I 的等位基因频率背离“哈迪·温伯格”平衡，全部标记间无连锁不平衡现象存在。 2、北部湾二长棘鲷种群遗传多样性分析 从上述 22 个标记中精选出 8 个最优标记，对 5 个北部湾二长棘鲷地理群体 进行遗传多样性检测。结果，5 个群体的等位基因数平均值、表观杂合度平均值、 期望杂合度平均值分别为 66.8、0.696、0.773。在 5 个地理群体中共检测到 80 个等位基因，各标记等位基因数分布范围为 3-15，平均值为 10.00，各群体的等 位基因数分布范围为 63（B）-69（C）。在所有“群体—标记”组合中，表观杂 合度的分布范围为 0.333-1.000；期望杂合度的分布范围为 0.574-0.918。各群体 平均表观杂合度的分布范围为 0.677（E）-0.709（A）；期望杂合度的分布范围为 0.757（C）-0.784（A）；对 40 个“群体—标记”组合进行 ―Sequential Bonferroni‖ 校正，发现有 4 个组合不符合“哈迪—温伯格”平衡（校正 P 值≤ 0.00625）。 3、北部湾二长棘鲷种群遗传结构分析 计算各地理群体对之间的 FST 值，并进行显著性检验。结果显示，群体对间 FST 的最大值仅为 0.0450，且所有 FST 值均为非显著性，说明各地理群体间不存 在显著性的遗传差异。对 5 个地理种群进行个体分配分析，将假设种群数（K） 设定为 2、3 时，所得的结果相似，即 5 个群体的分配图谱间没有明显的差异， 同时从个体分配表中可以看出，每个群体的个体都以近乎相同的比例被分配到各 个假定种群中，说明将 5 个地理种群中的所有个体聚为一类，即合并成一个种群， 最为合理。上述分析都证明，所有二长棘鲷地理群体均来源于同一个种群，在研 究海域内，二长棘鲷种群呈现遗传均质状态。 4、北部湾二长棘鲷种群衰退状况分析 “有效种群大小估算”的结果显示，该种群的“有效种群大小”估算值为 550-650，水平较高；“近亲交配检测”的结果显示“近交”现象发生的概率极 小；“遗传瓶颈检测”的结果显示，北部湾二长棘鲷种群在近期没有经历“遗传 瓶颈”事件。上述结果表明，该种群的遗传多样性丰富，没有发现该种群出现遗 传衰退的证据。 本研究的结果可为北部湾二长棘鲷种群资源的管理和保护提供理论依据。 关键词：二长棘鲷，微卫星，种群衰退，保护遗传学，有效种群大小 II Genetic analysis of Parargyrops edita population decline in Beibu Gulf ABSTRACT Parargyrops edita is the main