胰蛋白酶酶解.PPTVIP

质谱测试分析 蛋白质质谱鉴定流程 胰蛋白酶酶解 采用含乙腈的脱色液脱色至胶块变为白色 真空干燥仪中冷冻干燥 蛋白质组学级胰蛋白酶酶解过夜 采用含TFA和乙腈的溶液溶进行肽提取 真空干燥 采用含TFA和乙腈的溶液溶解样品并点样进行质谱测试 质谱分析 ABI MALDI-TOF/TOF 4800 质谱仪 先用MS反射模式得到一级图谱 一级质谱激光总shots: 800次 选择5-10个母离子做MS/MS分析 二级MS/MS激光总shots: 2000次，碰撞能量1KV, CID on 数据库检索 采用GPS Explore (V3.6 ，ABI) 软件进行分析 使用MASCOT（V2.1, Matrix Science, London, U.K）搜库软件对本地数据库进行检索 检索数据库为NCBInr，切割的酶为trypsin ，允许最大的未被酶切位点数为1, 可变修饰为半胱氨酸乙酰胺化和甲硫氨酸氧化，没有固定修饰，母离子质量容差为50 ppm，片段离子质量容差为0.25Da 肽指纹图谱（PMF）鉴定 PMF（Peptide Mass Fingerprinting）是根据一级质谱（MS）所测酶解片段的精确分子质量鉴定蛋白质的一种方法 一般采用MALDI-TOF进行鉴定。因为MALDI质谱图中的离子一般只带一个电荷，比较容易计算 其原理就是利用了蛋白序列数据库中的多肽质量的信息与实际测