章蛋白质结构.pptx

（二）蛋白质的空间结构（三维结构） 1. 蛋白质空间结构的研究方法 (1) X-射线衍射法（X-ray diffraction method） (2) 核磁共振（NMR） (3) 光谱法（红外光谱、紫外差光谱、荧光光谱） (4) 旋光色散法（optical rotatory dispersion, ORD） (5) 园二色性（circular dichroism, CD） (6) 氢同位素交换法 X-射线衍射法 简单原理 2.蛋白质的二级结构 蛋白质的二级结构是指多肽链本身的折叠和盘绕方式。 酰胺平面和两面角 早在20世纪30年代，Pauling和Corey就开始有X-射线衍射方法研究了氨基酸和肽的结构，他们得到了重要的结论: (1) 肽键的键长介于C-N单键和双键之间，具有部分双键的性质， 不能自由旋转。 (2) 肽键中的四个原子和它相邻的两个α-碳原子处于同一平面，形 多肽链的主链由许多酰胺平面组成，平面之间以α碳原子相隔。而Cα-C键和Cα-N键是单键，可以自由旋转，其中Cα-C键旋转的角度称ψ，Cα-N键旋转的角度称φ。ψ和φ这一对两面角决定了相邻两个酰胺平面的相对位置，也就决定了肽链的构象。 (1) α-螺旋 1950年美国Pauling等人在研究纤维状蛋白质时，提出了α-螺旋，后来发现在球状蛋白质分子中也存在α-螺旋。 ① 蛋白质多肽链像螺旋一样盘曲上升，每3.6个氨基酸残基螺旋上升 除了上面这种典型的α-螺旋外，还有一些不典型的α-螺旋，所以规定了有关螺旋的写法，用“nS”来表示，n为螺旋上升一圈氨基酸的残基数。S为氢键封闭环内的原子数，典型的α-螺旋用3.613表示，非典型的α-螺旋有3.010， 4.416（π螺旋）等。 在多肽链中连续的出现带同种电荷的极性氨基酸，α-螺旋就不稳定。 ●一些侧链基团虽然不参与螺旋，但他们可影响α-螺旋的稳定性(2) β-折叠 也是pauling等人提出来的，它是与α-螺旋完全不同的一种结构。① β-折叠主链骨架以一定的折叠形式 ③ β-折叠有平行和反平行的两种形式: ④ 每一个氨基酸在主轴上所占的距离，平行的是0.325nm，反平 (4) 无规卷曲 无规卷曲是指没有规律性的肽链结构，但许多蛋白质的功能部位常常埋伏在这里。 (5) Ω环 这是最近发现普通存在于球状蛋白质中的一种新的二级结构，这种结构的形状象希腊字Ω，所以称Ω环。 Ω环这种结构总是出现在蛋白质分子的表面，而且以亲水残基为主，这种结构与生物功能有关，另外在分子识别中可能起重要作用。 3.蛋白质的超二级结构和结构域 超二级结构是1973年Rossmann提出的，它是指二级结构的基本结构单位（α-螺旋，β-折叠等）相互聚集，形成有规律的二级结构的聚集体。已知的超二级结构主要有αα，βxβ，β-曲折和β-折叠筒等。 αα：是两个α-螺旋互相缠绕， βxβ：是两段平行的β-折叠通过一段连接链x连接而形成的结构。如x为α- 螺旋则为βαβ；最常见的为两个βαβ聚集体连在一起形成βαβ αβ结构，称Rossmann折叠。 βαβRossmann折叠如χ为β-折叠，则为βββ。 如x为无规卷曲，则为βcβ。 β-曲折（β-meander）：是三条或三条以上反平行的β-折叠通过短链，如β-转角相连。 β-折叠筒（β-sheat barrel）： 由多条β-折叠链所构成的β-折叠片，再卷成一个园筒状的结构。 结构域是 1970年Edelman提出的，它是指在较大的球状蛋白质分子中，多肽链往往形成几个紧密的球状构象，彼此分开，以松散的肽链相连，此球状构象就是结构域。 对那些较小的蛋白质分子来说，结构域和三级结构往往是一个意思，也就是说是单结构域的。一般来说，大的蛋白质分子可以由2个或更多个结构域组成。 结构域有时也称功能域，功能域是指有功能的部分。功能域可以是一个结构域，也可以是两个或两个以上的结构域组成。4. 蛋白质的三级结构 蛋白质的三级结构是指在二级结构基础上，多肽链再进一步折叠盘绕成更复杂的空间结构，三级结构主要靠非共价键来维持。 下面以鲸肌红蛋白为例，说明蛋白质的三级结构，1963年Kendrew等通过鲸肌红蛋白的x-射线衍射分析，测得了它的空间结构。　 肌红蛋白是由一条多肽链折叠盘绕成近似球状的构象。(2) 主链的80%左右是右手螺旋，其余为无规卷曲，一条多肽链 共有8个螺旋区（A、B、C、D、E、F、G、H），7个非螺 旋区（二个在末端，中间有五个）。(3) 氨基酸残基的亲水基团几乎全部分布在分子的表面，而疏 水基团几乎全部在分子的内部。(4) 血红素辅基垂直地伸出分子表面，通过一个His残基和分子 内部相连。 从目前对球状蛋白质二、三级结构研究的资料来看，它们有一些共同的特点： (1