生工生物真核有参全长转录组测序项目报告-高通量测序.PDFVIP

生工生物转录组测序结题报告 生工生物 真核有参全长转录组 测序项目报告 合同编号 客户单位 报告时间 1/94 生工生物转录组测序结题报告 目录 • 一. 术语解释 • 二. 本项目使用软件与数据库 • 2.1 软件 • 2.2 数据库 • 三. 项目分析流程 • 3.1 分析流程图 • 3.2 详细分析内容列 • 3.3 分析步骤及方法简介 • 四. 分析结果展示 • 4.1 Illumina测序数据评估及质控 • 4.2 PacBio测序数据评估 • 4.3 全长转录本分析 • 4.4 转录本校正 • 4.5 参考基因组比对分析 • 4.6 染色体上序列分布图 • 4.7 饱和度曲线 • 4.8 转录本组装 • 4.9 剪接异构体分析 • 4.10 多聚腺苷酸化分析 • 4.11 可变剪切分析 • 4.12 新基因预测 • 4.13 ORF预测 • 4.14 转录因子预测 • 4.15 lncRNA分析 • 4.16 基因功能注释 • 4.17 NR库比对注释 • 4.18 GO功能分类注释 • 4.19 KOG功能分类注释 • 4.20 KEGG功能分类注释 • 4.21 基因表达水平分析 • 4.22 重复相关性检查 • 4.23 共表达韦恩图 • 4.24 PCA主成分分析 • 4.25 PCoA主坐标分析 • 4.26 NMDS非度量多维尺度分析 • 4.27 层次聚类树分析 • 4.28 样本间距离箱型图 • 4.29 样本间距离热图 • 4.30 Anosim组间相似性分析 • 4.31 表达水平对比分析 • 4.32 表达差异分析 • 4.33 表达差异可视化分析 • 4.34 差异基因韦恩图 • 4.35 差异基因热图 • 4.36 差异基因表达聚类分析 • 4.37 差异基因功能注释 • 4.38 差异基因KEGG通路图 • 4.39 差异基因功能富集分析 • 2/94 生工生物转录组测序结题报告 4.40 功能富集关联分析 • 4.41 显著性GO有向无环图 • 五. 分析结果文件说明 • 六. 参考文献 3/94 生工生物转录组测序结题报告 一. 术语解释 Bp: base-pair ，碱基对，读长的单位，每一个bp指一对互补的碱基。 Read: 读长，测序数据中每一条序列就是一个read。 Raw_reads: 原始数据。 Clean_reads: QC之后的数据。 Fastq: 序列数据存储的标准格式之一，每4行为一条read的信息。包含测序read名，序列，正反链标 示，序列质量值。 Pair-end测序 : 双端测序，两端均测序。 质量评分 : 指的是一个碱基的错误概率的对数值，即质量评分越高，错误概率越小。 QC: Quality control ，即质量控制。 滑窗法 : 检测一个窗口内的碱基质量值，如果满足条件则向前移动一个单位继续检测，如果不满足条件即 做删除处理，随后继续移动到下一个单位进行检测，直到检测完所有的数据。 测序接头 : 序列在上机测序的时候需要在两端各加上一段人工序列，当序列片段比实际测序读长短时， 3’端会测到接头序列，该段序列在分析之前需要去除掉。 N: 表示未知碱基，