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葡萄生物学研究进入后基因组与系统生物学时代 　　摘要：目前，人类已经完成了拟南芥、葡萄、杨树、番木瓜、水稻、高粱和玉米等植物的基因组测序工作。果树分子生物学研究也因葡萄和番木瓜的基因组测序完成而步入后基因组学和系统生物学时代。以葡萄为例介绍并综述了葡萄基因组和后基因组学、比较基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学方面的研究进展，以及它们之间的关系。提出了葡萄生物学进入后基因组学和系统生物学时代后所面临的挑战及其相应的解决方案，并对中国葡萄后基因组及系统生物学研究提出了建议。 　　关键词：葡萄；分子生物学；系统生物学：后基因组时代 　　中图分类号：$663.1　文献标识码：A　文章编号：1009-9980(2011)02-321-09 　　 　　通过各种基因组计划，许多生物的基因组已被测序，并且测序费用一直在降低，可能最终测序单个基因组只需要几千美元。截止2009年，人类已经完成了人、牛、猪、拟南芥、葡萄、杨树、番木瓜、水稻、高粱等物种的基因组测序任务。随着这些基因组计划的完成，各种组学开始发展和完善起来，并突破了原有的学科界限形成多门交叉学科。经典的分子生物学研究是一种垂直型的研究，即采用多种手段研究个别的基因和蛋白质功能。而基因组学、蛋白质组学和其他各种组学则是水平型研究，即以单一的手段同时研究成千上万个基因或蛋白质的功能及它们的关系。而新兴的系统生物学则把水平型研究和垂直型研究及传统的生物学整合起来，成为一种三维的研究。各项基因组计划的完成以及相关组学技术的发展，标志着生物学研究进入了后基因组和系统生物学时代。 　　当前基因组测序技术以及各种组学的迅速发展也为果树研究领域提供了前所未有的机遇。2007年，两个研究小组公布了欧亚种葡萄的基因组框架图，美国的一个研究团队2008年完成了番木瓜的基因组测序。除了葡萄和番木瓜外，其他果树(如苹果、梨，柑橘等)的全基因组测序正在进行之中或即将完成。这些果树全基因组测序的完成或即将完成预示着果树学研究进入了一个新时代，即后基因组学和系统生物学时代。基因组测序是果树功能基因组研究的基础。研究者可以根据基因序列，利用分子生物学及生物工程技术手段研究基因的功能。更为重要的是，研究者可以在系统水平上来研究果树基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、以及表型组之间的关系。不仅从理论上可以阐明生物系统的机理，而且可更有效的将优良的基因通过遗传转化的方法导人栽培品种，培育优良新品种，这对于提升果树育种水平和培育新品种具有重大意义。我们系统地介绍并综述了葡萄基因组和后基因组学、比较基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、表型组学等方面的研究进展，以及它们之间的关系。提出了葡萄生物学进入后基因组学和系统生物学时代后所面临的挑战及其相应的解决方案，并对中国葡萄后基因组学及系统生物学研究提出了建议。这也为其他果树作物后基因组学和系统生物学的研究提供了参考。 　　 　　1、生物学研究进入系统生物学时代 　　 　　以往的分子生物学只是对个别的基因和蛋白质进行研究，而基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学以及表型组学则是对群体的研究。这些组学的关系见图1。随着计算机技术的成熟和应用，人类已经悄然的跨入系统生物学时代。所谓系统生物学(Systems Biology)，是指研究一个生物系统中所有组成成分，包括基因、mRNA、蛋白质等，以及在特定条件下这些组分问的相互关系的学科。显然，系统生物学使多方面的生物信息整合成为一个网络。系统生物学的研究过程是先取得一个生物、组织或细胞系统，分析各种内部因素，获得DNA、RNA及蛋白质相互作用的信息，整合各类信息后，开发出能描述系统结构和行为的模型，最后可以根据这个模型，预测生物系统的行为。因此，系统生物学是结合许多不同学科领域，通过彼此相互的网状合作，针对一个生物现象所进行的研究。 　　 　　2、植物基因组测序项目 　　 　　随着人类基因组测序项目的顺利完成，科学家们同时开展了多种生物的基因组测序项目。在人类基因组草图公布后的10a间，拟南芥、水稻、杨树、葡萄、番木瓜、高粱等植物的测序工作相继或接近完成，或正在进行中。其中双子叶植物包括拟南芥、番木瓜、苜蓿、大豆、杨树和葡萄，单子叶植物包括玉米、高粱和水稻。这些植物的进化树如图2。双子叶植物中拟南芥和番木瓜的亲缘关系较近，苜蓿与大豆聚为一类，葡萄是已测序的类真蔷薇植物中分化最早的植物。另外在单子叶植物中，玉米与高梁聚为一类。 　　 　　3、葡萄基因组 　　 　　葡萄是多年生藤本植物，浆果为非呼吸跃变型，大多数葡萄种的染色体数为2n＝2x＝38，但V，rotuni-flolia的染色体数为2n＝2x＝40。葡萄是继拟南芥、杨树、水稻之后，基因组测序完成的第4种显花植物，也是第1种被测序的果树