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蛋白质序列分析 蛋白质序列的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面，一般包括蛋白质的氨基酸组成，分子质量，等电点，亲水性，和疏水性、信号肽，跨膜区及结构功能域的分析等到。蛋白质的很多功能特征可直接由分析其序列而获得。例如，疏水性图谱可通知来预测跨膜螺旋。同时，也有很多短片段被细胞用来将目的蛋白质向特定细胞器进行转移的靶标(其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白质将被引向内质网。WEB中有很多此类资源用于帮助预测蛋白质的功能。 基本理化性质分析： HYPERLINK /protparam/ /protparam/ 信号肽预测： HYPERLINK http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 在生物内，蛋白质的合成场所与功能场所常被一层或多层细胞膜所隔开，这样就涉及到蛋白质的转运。合成的蛋白质只有准确地定向运行才能保证生命活动的正常进行。一般来说，蛋白质的定位的信息存在于该蛋白质自身结构中，并通过与膜上特殊的受体相互作用而得以表达。在起始密码子之后，有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA片段，这个氨基酸序列就这个氨基酸序列就是信号肽序列。含有信号肽的蛋白质一般都是分泌到细胞外，可能作为重要的细胞因子起作用，从而具有潜在的应用价值。 糖基化位点预测： HYPERLINK http://www.cbs.dtu.dk/services/Net%20NGlyc/ http://www.cbs.dtu.dk/services/Net NGlyc/ 跨膜区分析：TMORED 蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能是定位于膜的锚定蛋白或者离子通道蛋白等，从而，含有跨膜区的蛋白质往往和细胞的功能状态密切相关。 蛋白酶的结构功能进行预测和分析： HYPERLINK http://smart.embl-heidelberg.de/ http://smart.embl-heidelberg.de/ 同源建模分析： HYPERLINK //SWISS-MODEL.html //SWISS-MODEL.html 二级结构及折叠类预测：Predictprotein 特殊结构或结构预测：COILS MacStripe 疏水性分析：ExPASy的ProtScale 基于序列同源性分析的蛋白质功能预测： 至少有80个氨基酸长度范围内具有25%以上序列一致性才提示可能的显著性意义。类似于核酸序列同源性分析，用户直接将待分析的蛋白质序列输入NCBI/BLAST( HYPERLINK /blast /blast)，选择程序BLASTP就可网上分析。 基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测 蛋白质的磷酸化与糖基化对蛋白质的功能影响很大，所以对其的分析也是生物信息学的一个部分。同时，分子进化方面的研究表明，蛋白质的不同区域具有不同的进化速率，一些氨基酸必须在进化过程中足够保守以实现蛋白质的功能。在序列模式的鉴定方面有两类技术，第一类是依赖于和一致性序列(consensus sequence)或基序各残基的匹配模式，该技术可用于十分容易并快速搜索motif数据库。 Motif数据库-PROSITE 最好的是PROSITE/prosite)。 InterProScan是EBI 开发的一个集成了蛋白质结构域和功能位点的数据库，其中把SWISS-PROT，TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等数据库提供的蛋白质序列中的各种局域模式，如结构域，motif等信息统一起来，提供了一个较为全央的分析工具。 HYPERLINK http://www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html 简单模块构架搜索工具(simple modular architecture research tool，SMART)一个较好的蛋白质结构功能域的数据，可用于蛋白质结构功能域的分析，所得到的结构域同时提供相关的资源的链接http://smart.embl-heidelberg.de/ InterProScan综合分析网站 InterProScan是EBI 开发的一个集成了蛋白质结构域和功能位点的数据库，其中把SWISS-PROT，TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等数据库提供的蛋白质序列中的各种局域模式，如结构域，motif等信息统一起来，提供了一个较为全央的分析工具。www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html 蛋白质的结构功能域分析 简单模块构架搜索工具(sim