中国黄淮海地区玉米杂种优势候选位点的鉴定-玉米科学.PDF

玉 米 科 学2017，25(1)：15～23 JournalofMaizeSciences 文章编号：1005-0906(2017)01-0015-09 DOI:10.13597/ki.maize.science 中国黄淮海地区玉米杂种优势 候选位点的鉴定 1 1 1 1 2 3 1 周 玲 ，梁帅强 ，吕远大 ，张体付 ，戴惠学 ，赵松涛 ，赵 涵 (1.江苏省农业科学院农业生物技术研究所/江苏省农业生物学重点实验室，南京 210014；2.南京市蔬菜科学研究所，南京 210042； 3.江苏农科种业研究院有限公司，南京 210014) 摘 要：通过对全基因组重测序数据分析发现120 122个高质量InDel和SNP 变异位点，通过这些位点可以将 具有不同遗传背景的285份玉米自交系划分为9大类群，包括黄淮海地区两大杂种优势群PA和SPT群。检测PA和 SPT群间自交系基因型频率的分布和差异发现，1251个杂种优势候选位点不均匀分布在玉米10条染色体上，其中， 675个位点与42个已报道的杂种优势相关QTLs一致。基于候选位点，对部分黄淮海地区的主栽杂交品种进行杂合 性分析，InDel和SNP结果均表明，这些位点的杂合性显著高于其他区域，研究结果验证了本研究获得的候选区域的 可靠性，表明这些候选位点的杂合性已被广泛的运用于育种过程中。 关键词：玉米；杂种优势群；群体结构；遗传变异位点；遗传杂合率 中图分类号：S513.035.3 文献标识码：A IdentificationofCandidateLociAssociatedwithMaizeHeterosisin Huang-Huai-HaiRegionofChina 1 1 1 1 ZHOULing,LIANGShuai-qiang,LÜYuan-da,ZHANGTi-fu, DAIHui-xue,ZHAOSong-tao,ZHAOHan2 3 1 (1.InstituteofAgro-biotechnology/ ProvincialKeyLabofAgro-biology,JiangsuAcademyofAgriculturalSciences,Nanjing210014; 2.NanjingVegetablesResearchInstitute,Nanjing210042; 3.JiangsuAcademyofAgriculturalSciencesSeedIndustryResearchInstituteCo.,Ltd.,Nanjing210014,China) Abstract:Bymaizere-sequencingdatathatdepositedinNCBI,morethan 120122DNAvariationsofInDel andSNPwerecalledfrom 285 diverseinbredlines.Analysisofgeneticdistancesshowedpopulationstratification, andninegeneticallydistinctclustersweregrouped,includingPAandSPTgroups,whichweretwopredominanthet