SCC比赛总结报告-国家级教学成果奖申报.PDF

2017/12/30 SCC 比赛总结报告 ——MrBayes 和 MPAS 软件优化报告和比赛心得总结 王若冰 钟立 SCC 比赛总结报告 ——MrBayes 和 MPAS 软件优化报告和比赛心得总结 目录 摘要 4 Section 1: MrBayes 4 1.1 背景介绍 5 1.1.1 系统发生学 5 1.1.2 贝叶斯系统发生推断 5 1.1.3 Metropolis-Coupled Markov Chain Monte Carlo 方法 7 1.2 技术路线 9 1.2.1 各软件版本总结9 1.2.2 硬件层——GPU 并行化 10 1.2.3 汇编层——编译优化 12 1.2.4 源代码层——热点代码优化 14 1.2.5 算法应用层——链数动态化 16 1.2.6 算法应用层——温度调节 17 1.2.7 基于集群的本地调整 18 Section 2: MPAS 19 2.1 背景介绍 19 2.1.1 软件简介 19 1  2.1.2 版本历史 20 2.1.3 软件功能 21 2.2 MPAS 编译、安装和运行 22 2.2.1 软件依赖关系 22 2.2.2 依赖的安装 22 2.2.3 MPAS 的安装 25 2.2.4 可视化工具安装 26 2.2.5 运行方式 27 2.3 可视化 28 2.3.1 水平等高线绘制 28 2.3.2 水平网络绘制 29 2.4 软件原理 30 2.4.1 大气动力学内核（Dynamical Core） 31 2.4.2 大气静力学 32 2.5 软件结果分析 33 2.5.1 运行时的输入文件 34 2.5.2 目录结构 35 2.5.3 组成结构 35 2.6 优化方案 36 2.6.1 运行系统 36 2.6.2 编译器优化 37 2.6.3 OpenMP 优化 38 2.7 常见问题与解决方案 39 2  Section 3: 比赛总结 40 王若冰的总结 40 技术复盘 40 收获总结 43 钟立的总结 45 比赛准备 45 比赛过程 48 赛后感想 50 The Final ：鸣谢 51 3  摘要 SCC （Student Cluster Competition），也叫大学生超算竞赛，每年在 SC 高性能峰会上 举行。这篇报告主要总结科大超算鸿雁队对于 MrBayes 和 MPAS （神秘应用）的软件优化技 术总结以及这两个应用的主要负责人王若冰和钟立的比赛心得。 MrBayes 是生物聚类系统发生学的应用，根据不同聚类的基因、蛋白质或者其他生物学特 征 ，运用蒙特卡洛马尔科夫算法（MCMC 算法）进行迭代采样，最后确定物种之间的进化学 特征。根据软件的特性和工具分析结果，我们分别采用了 GPU 并行化、参数动态化以及针对 自己集群特征的本地优化等策略，获得了 5.6 倍的性能提升。 并且在相同时间内计算的精度， 即结果的收敛度提高了 8.3 倍。这个在 GPU 和 CPU 异构系统上的软件优化，涉及到很多高性 能计算方面的知识和技术，极大地促进了我们学习相关知识的热情，让我们在计算机系统领域 深入到了本科课程难以触及的深度。 跨尺度预测模型（ MPAS）是开发大气，海洋和其他地球系统模拟的联合模型，用于气象， 区域气候和天气研究。通过了