基于松材线虫全基因组序列的SSR标记开发-南京林业大学学报.PDFVIP

第３８卷　 第２期 南京林业大学学报（自然科学版） Ｖｏｌ．３８，Ｎｏ．２ ２０１４年３月 Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｎａｎｊｉｎｇ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ （Ｎａｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｅｄｉｔｉｏｎ） Ｍａｒ．，２０１４ － ｄｏｉ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１０００ ２００６．２０１４．０２．００８ 基于松材线虫全基因组序列的ＳＳＲ标记开发 ∗ 许峻荣，吴小芹 ，刘　 云，叶建仁 （南京林业大学森林资源与环境学院，江苏省有害生物入侵预防与控制重点实验室，江苏　 南京　 ２１００３７） 摘要：为了研究松材线虫在我国的群体遗传关系及传播路径，获得更为稳定的松材线虫分子标记，使用ＭＩＳＡ 软 件对松材线虫全基因组１０４３２条ＤＮＡ 片段进行搜索，共获得９５个ｇＳＳＲ位点。 其中，二核苷酸重复出现频率最 高，占全部ＳＳＲ位点的６６３％。 依据所有ｇＳＳＲ位点共设计出３６对引物，以１份松材线虫ＤＮＡ ｐｏｏｌｉｎｇ（包含我 国４６个不同地理来源的松材线虫虫株ＤＮＡ）为模板进行ＰＣＲ，产物由ＱＩＡｘｃｅｌ 全自动凝胶电泳分析系统检测， 获得１７对可能具有多态性的ｇＳＳＲ 引物。 进一步对这１７对引物的ＰＣＲ产物进行单克隆试验并测序，ＢｉｏＥｄｉｔ 软 件拼接比对结果表明，其中９对确实具有多态性。 关键词：松材线虫；全基因组序列；ＳＳＲ标记；遗传多态性 － － － 中图分类号：Ｑ７８；Ｓ７６３．１６　 　 　 　 　 　 　 文献标志码：Ａ 文章编号：１０００ ２００６（２０１４）０２ ００３６ ０７ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｓｉｍｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔｓ ｂａｓｅ ｏｎ ｐｉｎｅ ｗｏｏｄ ｎｅｍａｔｏｄｅ （Ｂｕｒｓａｐｈｅｌｅｎｃｈｕｓｘｙｌｏｐｈｉｌｕｓ） ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ∗ ＸＵＪｕｎｒｏｎｇ，ＷＵ Ｘｉａｏｑｉｎ ，ＬＩＵ Ｙｕｎ，ＹＥ Ｊｉａｎｒｅｎ （Ｊｉａｎｇｓｕ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｆｏｒ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ａｎｄ Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ Ｉｎｖａｓｉｖｅ Ｓｐｅｃｉｅｓ，Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｍｅｎｔ，Ｎａｎｊｉｎｇ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ ２１００３７，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｏ ｄｅｖｅｌｏｐ ｍｏｒｅ ｓｔａｂｌｅ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｒｋｅｒ，ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒ ｂａｓｅ ｏｎ ｐｉｎｅ ｗｏｏｄ ｎｅｍａｔｏｄｅ （Ｂｕｒｓａｐｈｅｌｅｎｃｈｕｓ ｘｙｌｏ⁃ ｐｈｉｌｕｓ）ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗａｓｄｉｓｃｕｓｓｅｄｆｏｒｒｅｓｅａｒｃｈｉｎｇｔｈｅｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｏｆ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｇｅｎｅｔｉｃａｎｄｔｒａｖｅｌｒｏｕｔｅａｃ⁃ ｃｕｒａｔｅｌｙ． Ｎｉｎｅｔｙ⁃ｆｉｖｅ ＳＳＲ ｌｏｃｉ ｗｅｒｅ ｓｅａｒｃｈｅｄ ｆｒｏｍ ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ １０ ４３２ ＤＮＡ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｏｆ Ｂ．ｘｙｌｏｐｈｉｌｕｓ ｂｙ ＭＩＳＡ． Ｉｎ ｔｈｅ ｇＳＳＲｓ，ｔｈｅ ｄｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｒｅｐｅａｔ ｍｏｔｉｆｓｗｅｒｅｔｈｅｍｏｓｔ ａｂｕｎｄａｎｔ （６６．３％）．Ｔｈｉｒｔｙ⁃ｓｉｘ ｐａｉｒｓｏｆ ｐｒｉｍｅｒｓｗｅｒｅ ｄｅｓｉｇｎｅｄ，ａｎｄ ｖｅｒｉｆｉｅｄｗｉｔｈｏｎｅｐｅ