不同单细胞全基因组扩增方法的比较及MALBAC在辅助生殖中的应用.PDF

Hereditas (Beijing) 2018 年 8 月, 40(8): 620 ―631 综 述 不同单细胞全基因组扩增方法的比较及MALBAC 在辅助生殖中的应用 1 2 1 1 1 1 1 姚雅馨 ，喇永富 ，狄冉 ，刘秋月 ，胡文萍 ，王翔宇 ，储明星 1. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，农业部动物遗传育种与繁殖重点实验室，北京 100193 2. 甘肃农业大学动物科学技术学院，兰州 730070 摘要 : 单细胞全基因组扩增(whole genome amplification, WGA)是指在单细胞水平对全基因组进行扩增的新技 术，其原理是将分离的单个细胞的微量全基因组DNA 进行扩增，获得高覆盖率的完整的基因组后进行高通量 测序，用于揭示细胞异质性。目前，WGA 方法主要包括引物延伸预扩增(primer extension preamplification PCR, PEP-PCR) 、简并寡核苷酸引物PCR (degenerate oligonucleotide primed PCR, DOP-PCR) 、多重置换扩增(multiple displacement amplification, MDA) 、多次退火环状循环扩增(multiple annealing and looping-based amplifica- tion cycles, MALBAC) 等。本文对不同的单细胞WGA 方法的原理及应用情况分别进行了阐述，并对其扩增效 率进行评价和比较，包括基因组覆盖度、均一性、重现性、SNV (single-nucleotide variants)和CNV (copy number variants)检测力等。综合对比不同单细胞WGA 方法后发现，MALBAC 的扩增均一性最高、等位基因脱扣率最 低、重现性最好，且对于CNV 和SNV 的检测效果最好。本文还阐述了MALBAC 技术在人类单精子减数重组、 非整倍体分析以及人类卵细胞基因组研究中的应用。 关键词 : 单细胞全基因组扩增；MALBAC ；DOP-PCR ；MDA ；单细胞 收稿日期: 20 18−04−07; 修回日期: 20 18−06−09 基金项目: 国家自然科学基金项目(编号 ，国家肉羊产业技术体系专项(编号：CARS-38) ，中央级公益性科研院所基本科研业 务费专项(编号：Y2017JC24) ，中国农业科学院科技创新工程(编号：ASTIP-IAS13) ，农业科研杰出人才及其创新团队项目和国家万人计划 科技创新领军人才项目资助[Supported by the National Natural Science Foundation of China (Nos., Earmarked Fund for China Agriculture Research System (No. CARS-38), Central Public-interest Scientific Institution Basal Research Fund (No. Y2017JC24), Agricultural Science and Technology Innovation Program of China (No. ASTIP-IAS13), China Agricultural Scientific Research Outstanding Talents and Their Innovative Teams Program, China High-level Talents Special Support Plan Scientific and Technological Innovation Leading Talents Program] 作者简介: 姚雅馨，博士，助理研究员，研究方向：动物遗传育种。E-mail : yaoyaxin0602@126.com 喇永富，博士研究生，专业方向：动物遗传育种。E-mail : 545