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油菜F―BOX蛋白序列特征和生物信息学分析 　　摘 要 从NCBI数据库中查询下载了油菜F-BOX蛋白序列，利用生物信息学技术，对其基本理化性质、电子表达和保守域等方面进行分析和预测。结果表明，油菜F-BOX蛋白序列中20种氨基酸含量差异较大；该蛋白为亲水蛋白，无跨膜区，N端不含信号肽，为非分泌蛋白；其基因主要在花和种子中表达。 　　关键词 油菜；F-BOX蛋白；生物信息学 　　中图分类号：S565.4 文献标志码：B 文章编号：1673-890X（2015）33--03 　　在真核生物中普遍存在着F-BOX蛋白家族， 该蛋白家族是一类含有F-BOX结构域，最早由Kumar等[1]在1995年发现的，在泛素-蛋白酶体途径中因具有特异识别蛋白底物的作用，故在细胞的分裂、代谢、发育和免疫等很多复杂的生理过程中都发挥着重要的作用。有关遗传研究表明，F-BOX蛋白在很多种信号传导途径中都发挥作用[2]，如光形态的建成、花器官的发育、生长素信号的传导以及生物钟节律的调节等[3]。 　　F-BOX蛋白有很多种类，在物种进化的过程中F-BOX结构域非常保守。大多时候，F-BOX蛋白对靶蛋白的特异性识别是通过参与形成SCF复合体来实现的。F-BOX蛋白除了构成SCF复合体以外，还可以非复合体的形式发挥作用。F-BOX蛋白主要的功能是对细胞周期的调控；同时，也是众多生物学过程和细胞生命活动的基础。本文通过在NCBI数据库查询下载油菜F-BOX蛋白序列，对其序列特征和生物信息进行分析，为进一步研究其功能提供理论基础。 　　1 材料与方法 　　1.1 材料来源 　　在NCBI数据库中查询F-BOX蛋白序列，从中选取2条（gi|674950981|；gi|674926928|）下载下来进行序列特征和生物信息分析。 　　1.2 理化性质分析、跨膜区分析 　　利用Protparam（http：///proteomics）工具分析F-BOX蛋白序列的氨基酸组成、不稳定系数、脂肪指数、亲水性等理化性质[4]，利用TMHMM（http：//www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/）[5]工具对跨膜区进行分析。 　　1.3 电子表达、保守域、信号肽分析 　　利用EST和Unigene数据库对蛋白序列进行电子表达分析，利用Protein-BLAST同源搜索保守结构域，利用SignalP4.0 Server工具进行信号肽分析。 　　1.4 同源比较和进化分析 　　利用DNAman软件对油菜和其他几种相近的十字花科植物的F-BOX蛋白序列进行同源比较并构建进化树。 　　2 结果与分析 　　2.1 油菜的F-BOX蛋白序列的理化性质分析 　　序列gi|674950981含量最高的是Leu（10.0%）和Arg（8.9%），含量最低的是Trp（1.7%）和Met（2.1%）和Cys（2.1%），带负电荷的氨基酸残基41个（包括Asp，Glu），带正电荷的氨基酸残基46个（包括Arg，Lys），该蛋白质为亲水蛋白质且不稳定，结果见表1。序列gi|674926928含量最高的是Leu（11.1%）和Ser（9.4%），含量最低的是Met（1.1%）和Trp（1.7%），带负电荷的氨基酸残基总数39个（包括Asp，Glu），带正电荷的氨基酸残基总数48个（包括Arg，Lys），该蛋白质为亲水蛋白质，稳定性较高。 　　2.2 油菜的 F-BOX蛋白序列跨膜区分析 　　跨膜区是膜脂和膜中的蛋白相结合的重要部位，一般情况下由大约20个的疏水氨基酸残基构成，形成的螺旋和膜脂结合。用TMHMM对2种油菜的F-BOX蛋白序列的跨膜结构域进行分析，结果表明，2种油菜的F-BOX蛋白均不存在跨膜区。 　　2.3 油菜的F-BOX蛋白序列的电子表达、保守域、信号肽分析 　　以油菜F-BOX蛋白序列gi|674950981的mRNA序列在EST数据库中查询，查到12条相关序列，选其中相似性较高的5条序列，结果（见表1）表明，其中2条来自叶，1条来自花和花蕾，1条来自花芽，还有1条来自黄化幼苗。利用Unigene数据库中的est profile进行电子表达谱分析，结果（见表2）说明，该基因在花和种子中表达量是最高的，TPM值分别为40和22，在其他的组织中没有检测到该基因的表达。 　　通过对获得的油菜F-BOX蛋白的保守结构域分析（见图1）可知，2个蛋白序列保守结构域较为一致，都有F-box superfamily 保守结构域。 　　对油菜2种F-BOX蛋白进行信号肽预测分析，结果表明，2种蛋白的N端都不含信号肽，所以都为非分泌性蛋白。 　　2.4 垂直同源序列的比较和进化分析 　　2.4.1 油菜的F-BOX蛋白垂直同