带有停滞检测的蚁群算法在2DHP格点模型中的应用-计算机应用与软件.PDFVIP

第３３卷第２期　　　 计算机应用与软件 Ｖｏｌ３３Ｎｏ．２ ２０１６年２月　　 ＣｏｍｐｕｔｅｒＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓａｎｄＳｏｆｔｗａｒｅ Ｆｅｂ．２０１６ 带有停滞检测的蚁群算法在２ＤＨＰ格点模型中的应用 １ ２ 刘　羽　熊壬浩 １（桂林理工大学机械与控制工程学院　广西桂林５４１００４） ２（桂林理工大学信息科学与工程学院　广西桂林５４１００４） 摘　要　　为了提高蛋白质折叠结构预测的求解效率，针对２ＤＨＰ格点模型，研究蚁群ＡＣＯ（ＡｎｔＣｏｌｏｎｙＯｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ）算法在该问题 上的应用。采用四元组表示绝对的折叠方向，并建立构象和解的一一对应关系。通过实验对算法各阶段的常用策略、方法进行比较 分析。为了防止搜索陷入停滞，引入位置信息素停滞比和序列信息素停滞比两个参数，使用一种新的停滞检测机制。实验结果表 明，改进的算法在保证预测质量的前提下，显著地提升了收敛速度。 关键词　　ＨＰ模型　蛋白质折叠　蚁群算法　停滞检测　遗传算法 中图分类号　ＴＰ１８　ＴＰ３０１．６　　　　文献标识码　Ａ　　　　ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１０００３８６ｘ．２０１６．０２．０５３ ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮＯＦＡＮＴＣＯＬＯＮＹＯＰＴＩＭＩＳＡＴＩＯＮＡＬＧＯＲＩＴＨＭＷＩＴＨＳＴＡＧＮＡＴＩＯＮ ＤＥＴＥＣＴＩＯＮＩＮ２ＤＨＰＬＡＴＴＩＣＥＭＯＤＥＬ １ ２ ＬｉｕＹｕ　ＸｉｏｎｇＲｅｎｈａｏ １（ＳｃｈｏｏｌｏｆＭｅｃｈａｎｉｃａｌａｎｄＣｏｎｔｒｏｌＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＧｕｉｌｉｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｇｕｉｌｉｎ５４１００４，Ｇｕａｎｇｘｉ，Ｃｈｉｎａ） ２（ＳｃｈｏｏｌｏｆＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＧｕｉｌｉｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｇｕｉｌｉｎ５４１００４，Ｇｕａｎｇｘｉ，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ　　Ａｉｍｉｎｇａｔ２ＤＨＰｌａｔｔｉｃｅｍｏｄｅｌｗｅｓｔｕｄｉｅｄｔｈｅａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆａｎｔｃｏｌｏｎｙｏｐｔｉｍｉｓａｔｉｏｎａｌｇｏｒｉｔｈｍｏｎｐｒｏｔｅｉｎｆｏｌｄｉｎｇｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｉｎｏｒｄｅｒｔｏｉｍｐｒｏｖｅｔｈｅｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙｏｆｉｔｓｓｏｌｕｔｉｏｎ．Ｗｅｕｓｅｄｔｈｅｑｕａｄｒｕｐｌｅｔｏｅｘｐｒｅｓｓａｂｓｏｌｕｔｅｆｏｌｄｉｎｇｄｉｒｅｃｔｉｏｎ，ａｎｄｅｓｔａｂｌｉｓｈｅｄｔｈｅ ｏｎｅｔｏｏｎｅｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｅｎｃｅｂｅｔｗｅｅｎｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｎｄｓｏｌｕｔｉｏｎ．Ｔｈｒｏｕｇｈｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｗｅｍａｄｅｔｈｅｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅａｎａｌｙｓｅｓｏｎｃｏｍｍｏｎｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ａｎｄｍｅｔｈｏｄｓｉｎｅａｃｈｓｔａｇｅｏｆｔｈｅａｌｇｏｒｉｔｈｍ．Ｔｏｐｒｅｖｅｎｔｔｈｅｓｅａｒｃｈｆｒｏｍｇｏｉｎｇｔｏｓｔａｇｎａｔｉｏｎ，ｗｅｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄｔｗｏｐａｒａｍｅｔｅｒｓ，ｔｈｅｐｏｓｉｔｉｏｎ ｐｈｅｒｏｍｏｎｅｓｔａｇｎａｔｉｏｎｒａｔｉｏａｎｄｔｈｅｓｅｑｕｅｎｃｅｐｈｅｒｏｍｏｎｅｓｔａｇｎａｔｉｏｎｒａｔｉｏ，ａｎｄａｐｐｌｉｅｄａｎｅｗｓｔａｇｎａｔｉｏｎｄｅｔｅｃｔｉｏｎｍｅｃｈａｎｉｓｍａｓｗｅｌｌ． Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅｉｍｐｒｏｖｅｄａｌｇｏｒｉｔｈｍｒｅｍａｒｋａｂｌｙａｃｃｅｌｅｒａｔｅｄｔｈｅｃｏｎｖｅｒｇｅｎｃｅｓｐｅｅｄｏｎｔｈｅｐｒｅｍｉｓｅｏｆｅｎｓｕｒｉｎｇｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｑｕａｌｉｔｙ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ　　ＨＰｍｏｄｅｌ　Ｐｒｏｔｅｉｎｆｏｌｄｉｎｇ　Ａｎｔｃｏｌｏｎｙｏｐｔｉｍｉｓａｔｉｏｎ　Ｓｔａｇｎａｔｉｏｎｄｅｔｅｃｔｉｏｎ　Ｇ