【精编】生物信息学.ppt

变异 就是改变染色体某个(些)位上的基因。 例如, 设染色体 s将其第三位上的0变为1, 即 s s′。 s′也可以看做是原染色体s的子代染色体。 * 123 4.2 基本遗传算法 遗传算法基本流程框图 生成初始种群 计算适应度 选择/复制 交叉 变异 生成新一代种群 终止 ? 结束 * 123 算法中的一些控制参数： ■ 种群规模 ■ 最大换代数 ■ 交叉率(crossover rate)就是参加交叉运算的染色体个数占全体染色体总数的比例，记为Pc,取值范围一般为0.4～0.99。 ■ 变异率(mutation rate)是指发生变异的基因位数所占全体染色体的基因总位数的比例，记为Pm，取值范围一般为0.0001～0.1。 * 123 分子进化与系统发育 * 123 生物大分子进化速率相对恒定 蛋白质和核酸等生物大分子在进化过程中氨基酸或核苷酸随着时间的替换(改变)数几乎是恒定的。 * 123 123 123 123 123 123 123 123 123 123 简介 生物信息学（Bioinformatics）是20世纪80年代末随着人类基因组计划的启动而兴起的一门新型交叉学科，它体现了生物学、计算机科学、数学、物理学等学科间的渗透与融合。 生物信息学通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析，达到揭示数据所蕴含的生物学意义从而解读生命活动规律的目的。 生物信息学不仅是一门学科，更是一种重要的研究开发平台与工具，是今后进行几乎所有生命科学研究的推手。 * 123 生物技术与生物信息学的区别及联系 生物技术 生物信息学 英文名称 Biotechnology Bioinformatics 最终目的 产品 研究 方法 利用生物的特性和功能，设计构建具有预期功能的新物质或品系 对生物信息进行采集、处理、存储、分析和解释 涉及学科 基因工程、分子生物学、生物化学、遗传学、细胞生物学、胚胎学、免疫学等 生物学、计算机科学、数学、物理学等 发展历程 可追溯到 2000 B.C. 数十年 * 123 生物信息学的发展历史 人类基因组计划（HGP） 人类基因组计划由美国科学家于1985年提出，1990年启动。根据该计划，在2015年要把人体约4万个基因的密码全部揭开，同时绘制出人类基因的谱图，也就是说，要揭开组成人体4万个基因的30亿个碱基对的秘密。HGP与曼哈顿原子弹计划和阿波罗计划并称为三大科学计划，被誉为生命科学的登月计划。 随着基因组计划的不断发展，海量的生物学数据必须通过生物信息学的手段进行收集、分析和整理后，才能成为有用的信息和知识。换句话说，人类基因组计划为生物信息学提供了兴盛的契机。上文所说的基因、碱基对、遗传密码子等术语都是生物信息学需要着重研究的地方。 * 123 数据与信息 数据是人们为了反映客观世界而记录下来的可鉴别的各种符号，而信息则是使用者对数据有目的的加工，从而对接收者的行为或思想产生影响，而不同接收者对于相同数据可能存在不同的解释和理解。 数据是信息的载体，信息是数据的目的 “我有一个好想法，不过只可意会不可言传” 数据本身没有价值 用户不同，数据和信息的划分也不同 数据和信息可以相互转化 * 123 What is Data? 10535185574 雨认会不天我为明下 0100100101001100 0110111101110110 0110010101011001 0110111101110101 * 123 What is Info?我不认为明天会下雨 y=ax-a01001100011101100101100101110101 73 76 111 118 101 89 111 117 I L o v e Y o u * 123 数据 信息 Recognition Knowledgement * 123 什么是数据库 在生物信息学领域，数据库的主要功能是“存储”、“管理”以及“检索”、“调用” 常见数据库结构类型：平面文件(FLAT FILE)、关系型数据库(R-database)、基于Internet的 XML(Extensible Markup Language) * 123 基因是什么 基因是遗传物质的基本单位 基因就是核苷酸序列。 大部分的基因大约是1000-4000个核苷酸那么长。 基因通过控制蛋白质的合成，从微观和宏观上影响细胞、组织和器官的产生。 基因在染色