目标化合物析分系统中的重要算法.PDF

2001 年第 59 卷 化 学 学 报 Vol. 59 , 2001 第 2 期 , 241～246 ACTA CHIMICA SINICA No. 2 , 241 ～246 目标化合物析分系统中的重要算法 王利莎　　袁身刚 　　欧阳政　　郑崇直 ( 中国科学院上海有机化学研究所 　中国科学院计算机化学开放实验室 　上海 　200032) 摘要 　介绍了目标化合物析分系统中所用到的三个重要算法. 它们是 :最短拓扑距离的求解、析分过程结束的判别 以及合成树的构建. 分子结构中任意两个原子之间最短拓扑距离的求解是建立在采用队列数据结构的宽度优先搜 索算法基础上的. 析分过程结束的判别是由在新 Morgan 算法基础上产生的化合物的唯一编码和 B - 树两种算法构 成. 前者是为了将前体与原料库中每个化合物是否同构的复杂问题简化为码之间的比较问题 ;后者是一种高效文件 组织方式 ,将代表原料库中化合物的唯一编码作为检索键来组织建库 ,从而实现对原料库的快速查询. 合成树采用 的是链表存储方式 ,每一个结点由六个域组成 ,且在建树和画树的过程中 ,均用前序遍历. 这些算法是实现析分系统 的基础 ,因此它们的正确设计与高效实现就显得尤为重要. 关键词 　拓扑距离 , 宽度优先搜索 , 新 Morgan 算法 , B - 树算法 Important Algorithms Used in the Target Parsing System WANGLi - Sha 　　YUAN Shen - Gang 　　OUYANG Zheng 　　ZHENG Chong - Zhi (Laboratory of Computer Chemistry Shanghai Institute of Organic Chemistry , ) The Chinese Academy of Sciences , Shanghai , 200032 Abstract 　This article presents the three most important algorithms used in the Target Parsing System. They are the shortest topological distance between two atoms , the determination of the termination of the parsing process and the construction of the synthesis tree. The shortest topological distance between two atoms in a structure was designed according to the widely used breadth first search algorithm which uses a data structure called Queue. The determination of the