分子建模与模拟导论幻灯片课件.pptVIP

分子建模与模拟导论 研 究 对 象 实际材料分子体系及其抽象模型 I.1. 第 一 性 计 算 ? 电子结构方法 解多体薛定谔方程：HΨ({r}) = E Ψ ({r}) 方程中包含所有原子核和电子的哈密顿量和波函数 原子间相互作用由主要由电子决定 计算系统最低能量构型，原子光谱等 计算化学反应势垒，速率等 Gaussian 软件包 One-unit Kapton 电子结构方法举例 ? 最小能量态 I.2. 第 一 性 计 算 ? 密 度 泛 函 理 论 解多体薛定谔方程：HΨ(ρ({r})) = E Ψ (ρ({r})) 用电子密度代替电子坐标，从而大大减少计算自由度 适于进行较大体系的计算 VASP 软件包 密度泛函方法举例 ? 纳米金的晶体结构 A. S. Barnard, X. M. Lin, L. A. Curtiss J. Phys. Chem. B 109, 24465 (2005). II. 分 子 建 模 以原子为质点，原子间作用为经验势 通用方法：给定原子间作用力函数形式，从实验数据或第一性计算数据拟合参数 Lennard-Jones 势：惰性气体 氩原子之间的相互作用，wikipedia 金属体系力场：多体作用 化学体系力场：成键作用，静电作用和范德华力作用 粗粒化：多个原子组合成一个粗粒化点 Y. Wang, G. A. Voth to be submitted. Empirical force fields are determined by fitting experimental results or data from first principles calculations Quality of empirical force fields has big influence on simulation results Capable of simulating up to millions of atoms (parallel computing) Solving Newton’s Equations of Motion. III.1. 分 子 动 力 学 模 拟