多核集群上的混合并行分子动力学计算研究-计算机软件与理论专业论文.docx

万方数据 万方数据 STUDY ON HYBRID PARALLEL MOLECULAR DYNAMICS COMPUTING ON MULTICORE CLUSTER A Doctor Dissertation Submitted to University of Electronic Science and Technology of China Major: Computer Software and Theory Author: Bai Mingze Advisor: Prof. Sun Shixin School: School of Computer Science and Engineering I 电子科技大学博士毕业论文 独 创 性 声 明 本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作 及取得的研究成果。据我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方 外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为 获得电子科技大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与 我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的 说明并表示谢意。 签名： 日期： 年 月 日 论 文 使 用 授 权 本学位论文作者完全了解电子科技大学有关保留、使用学位论文 的规定，有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘， 允许论文被查阅和借阅。本人授权电子科技大学可以将学位论文的全 部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描 等复制手段保存、汇编学位论文。 （保密的学位论文在解密后应遵守此规定） 签名： 导师签名： 日期： 年 月 日 II 摘 要 摘 要 随着高性能计算机的快速发展和计算资源的日益丰富，高性能计算已成为当 今国内外研究的热点。由于高性能计算机的主流结构已从大规模并行处理机转向 多核集群，系统也从单一内存模型转向混合内存模型，为高性能计算机所设计的 并行 程序 必 须 适 应 这 一 转 变 ， 从 而 产 生 了 混 合 并 行 编 程 模 型 。 分 子 动 力 学 （Molecular Dynamics，MD）模拟作为一种重要的科学研究方法，在多个学科领 域里得到了广泛地应用。进一步加快 MD 模拟在多核集群上的计算速度，促进这 些领域的科研工作进一步发展就变得非常紧迫。然而，当人们在设计多核集群上 的基于混合并行编程模型的并行 MD 算法以及其它并行算法时，普遍遇到引入多 线程并行时开销过高的问题，使混合模型常常不如原来的纯消息传递模型。因此， 如何解决这类问题，提高科学与工程计算程序在多核集群上的计算速度，是当前 研究的一个重要方向。 本文全面系统地研究混合并行编程模型、混合并行 MD 算法的研究现状和存 在的不足，在此基础上提出了一系列相关问题的优化或改进算法。 本文的主要内容及创新点如下： (1) 本文深入地分析了适用于多核集群的混合并行编程模型、并行 MD 算法的 基本原理和基本实现方法，为后面提出的多核集群上的混合并行 MD 算法打下了 基础。 (2) 本文论证了 Critical Section 算法进行多线程并行 MD 计算的可扩展性问 题，理论分析和实验结果表明，Critical Section 算法在处理器核心数量大于 8 时的 加速比明显下降。本文进而提出了一个称为三角形并行 MD 算法的优化方法，该 方法通过静态分配原子集的策略让各线程在不同的时刻进入临界区，从而减少临 界区的闲置时间，加快并行计算速度。 (3) 本文提出了基于 OpenMP 的并行 MD 算法——SPMD-like（Single Program Multiple Data）算法。该算法采用与 SPMD 程序相同的各自处理数据并冗余计算跨 区域数据关系的策略，但是在实现上却接近简单的 OpenMP 实现，不需要修改 MD 的内部计算逻辑，只需要修改几个数据结构并添加一个空间分解子程序。该算法 在保持 OpenMP 实现简单特点的同时取得接近纯消息模型的并行计算性能和可扩 展性。 I 摘 要 (4) 本文提出了一种多核集群上的基于混合 MPI/OpenMP 模型的并行 MD 算 法。该算法在保持尽量小修改原则的基础上，将 SPMD-like 算法嵌入纯 MPI 并行 MD 程序中。该混合并行程序在节点内采用 OpenMP 并行，在引入较小并行开销 的同时，明显地减少了节点间的通信时间，从而有效地提高了 MD 程序在多核集 群上的计算速度和并行效率。 (5) 本文提出了一种完全避免临界区的归约算法——分块轮换归约算法，该算 法在保持与 Critical Section 算法相似的简单性的同时，具有比 Critical Section 算法 更好的并行性能和可扩展性。理