多贝西小波密度泛函的并行算法及其应用-计算数学专业论文.docxVIP

万方数据 万方数据 湘潭大学 学位论文原创性声明 本人郑重声明：所呈交的论文是本人在导师的指导下独立进行研究所 取得的研究成果。除了文中特别加以标注引用的内容外，本论文不包含任 何其他个人或集体已经发表或撰写的成果作品。对本文的研究做出重要贡 献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的 法律后果由本人承担。 作者签名： 日期： 年 月 日 学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意 学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文 被查阅和借阅。本人授权湘潭大学可以将本学位论文的全部或部分内容编 入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇 编本学位论文。 涉密论文按学校规定处理。 作者签名： 日期： 年 月 日 导师签名： 日期： 年 月 日 摘 要 密度泛函计算方法在材料计算和多尺度模拟中具有广泛应用. 以多贝西小波 作为基函数的密度泛函计算方法具有局域性好、计算精度高等特点受到国际上的 高度关注，但其高性能并行应用仍然面临瓶颈. 本论文立足高性能计算平台开展 多贝西小波密度泛函的并行算法研究. 实现了多贝西小波密度泛函的 CPU-GPU 异构计算，探索了多贝西小波密度泛函的瓦尼尔轨道计算. 针对当前具有重要研 究背景的材料计算问题，如二维硅烯材料、碳纳米管等，开展了相关研究. 论文 的主要工作分为以下三个方面： 1. 在曙光 4000A 和 IBM 高性能集群平台上搭建了并行计算环境，包括 MPI、 PGI(C、FORTRAN)、OpenMP、 CUDA 等多种编译、系统应用软件的安装、调 试和运行. 通过介绍现有的高性能计算平台上的并行计算技术，结合多贝西小波 密度泛函的应用，阐述了 CPU-GPU 异构体系下密度泛函并行计算的特性与运用. 探索了多贝西小波密度泛函程序 BigDFT 的 GPU 加速，给出了不同计算规模下 多贝西小波计算的加速比和计算效率. 通过表面边界条件下的模型测试，发现在 纯 CPU 架构中，通过 CPU 核数的增加能使多贝西小波密度泛函程序 BigDFT 并 行任务加速比增大，效率得到有效提升. 在 CPU-GPU 架构中，通过同步增加 CPU 核数和 GPU 卡的块数，实现了高的加速比. 2. 由于 Kohn-Sham 轨道是相当不局域的，为更好地可视化分子内部的原子 间成键信息，需要将 Kohn-Sham 轨道转化成 Wannier 表象中的局域轨道. 借助于 Wannier90 程序给出的最大局域化瓦尼尔函数，研究了多贝西小波密度泛函总能 计算基础上的 Wannier 局域化方法 . 通过多贝西小波密度泛函总能计算与 Wannier90 后处理结合的并行计算技术，在表面边界条件下实现了硅中的硼氧复 合点缺陷的 Wannier 函数计算. 进一步运用 Wannier 局域化方法，研究了二维硅 烯中的最大局域化轨道. 为表面边界条件下运用多贝西小波密度泛函和 Wannier 函数进行带电荷体系的应用提供了可行的方案. 3. 除了多贝西小波基的密度泛函研究，还探索了平面波基的密度泛函计算 程序的并行计算研究. 以边缘氢化和非氢化的石墨烯条带作为数值实验对象，发 现扶手型无氢化石墨纳米条带的边缘碳原子是以三重键相互结合. 进一步通过 铁磁、反铁磁和顺磁等不同磁态的计算，发现锯齿型石墨烯纳米条带的反铁磁状 态最稳定.预测了目前直径最小的(2, 2)碳纳米管的结构、电子和光学性质. 对比分 析了超软赝势和规范-守恒赝势对计算的影响. 成功进行了碳原子链半嵌入碳纳 米管构成的新型纳米分子异质结的计算设计. 关键词: 并行计算；GPU 加速；小波 I Abstract Density functional calculations have been widely used in material computing and multi-scale simulation. Daubechies wavelets are orthogonal in real space and has very good locality. Density functional calculations based on Daubechies wavelets used as complete basis function for solving Kohn-Sham equation are used for the electronic structure calculations, but its high-performance applications are still facing bottlenecks