基于MiSeq高通量测序研究高精料日粮对锦江黄牛瘤胃菌群的影响.DOC

高精料日粮对锦江黄牛瘤胃菌群结构的影响 高雨飞　欧阳克蕙基金项目：国家现代农业产业技术体系（nycytx-38），国家自然科学基金 基金项目：国家现代农业产业技术体系（nycytx-38），国家自然科学基金 作者简介：高雨飞（1990-），男，硕士生，主要从事反刍动物营养，E-mail： HYPERLINK mailto:nihaogyf@ nihaogyf@ 通讯作者：欧阳克蕙，教授，博士，E-mail：ouyangkehui@ （江西农业大学江西省动物营养重点实验室/营养饲料开发工程研究中心，南昌 330045） 摘　要：本研究基于MiSeq高通量测序的方法研究高精料日粮对锦江黄牛瘤胃细菌多样性及菌群结构的影响。选取3头装有永久性瘤胃瘘管的锦江黄牛公牛（体重400±20 kg），采用自身对照法，分为2个阶段进行，每一个阶段为1个处理，每个处理3个重复。第一阶段日粮精粗比为2:8（低精料组，HF）；第二阶段日粮精粗比为8:2（高精料组，HC）。采集瘤胃液样品，测定瘤胃pH，提取DNA，对细菌的16S rDNA序列V4-V5区进行MiSeq高通量测序。结果表明，高精料日粮降低了锦江黄牛瘤胃pH，诱导产生了SARA。同时，还降低了瘤胃细菌的多样性。在门水平上，高精料日粮增加了瘤胃中Bacteroidetes（拟杆菌门）的相对含量（P0.1），降低了Spirochaetes（螺旋菌门）的相对含量（P0.1）。在纲水平上，增加了Bacteroidia（拟杆菌纲）的相对含量（P0.1），减少了Spirochaetes（螺旋菌纲）的相对含量（P0.1）。在科水平上，显著增加了Prevotellaceae（普雷沃氏菌科）的相对含量（P0.05），减少了Lachnospiraceae（毛螺菌科）的相对含量（P0.1）。在属水平上，显著增加了Prevotella（普雷沃氏菌属）的相对含量（P0.05）， Paraprevotella（帕拉普氏菌属）、Ruminococcus（瘤胃球菌属）、Treponema（密螺旋体属）、Sporobacter、Victivallis（食物谷菌属）和Hallella的相对含量显著减少（P0.05）。高精料日粮可降低瘤胃pH值，导致瘤胃菌群紊乱。 关键字：瘤胃细菌；多样性；高精料；锦江黄牛 Effect of High-Concentrate Diet on the Rumen Bacterial Community in Jinjiang Yellow Cattle Abstract: This present study was designed to reveal the effect of high-concentrate diet on rumen bacterial community and diversity in Jinjiang yellow cattle using MiSeq sequencing technology. A self-control-case experiment desigh was adopt in this study. The whole trial period was divided into 2 stages. Two different diets were fed to three Jinjiang yellow cattles (bull) weighted about 400±20 kg with permanent rumen cannula in the 2 stages respectively. Cattles fed with diet with concentrate-to forage ratio of 2:8 (low-concentrate diet, HF) in period I, and diet with concentrate-to forage ratio of 8:2 (high-concentrate diet, HC) in period II. Ruminal pH was measured and rumen fluid samples were collected to DNA extraction. The 16S rDNA V4-V5 of bacteria was sequenced by MiSeq sequencing technology. The results showed that the high concentrate diet reduced the pH value of rumen in Jinjiang yellow cattle,