临床遗传学常用生物信息.pptxVIP

临床遗传学与生物信息学:工具与资源;主要内容;定义;精准医学背景下的遗传学和生物信息学;生物信息学是现代遗传学研究的灵魂;主要数据对象;单基因病VS多基因病;突变与多态性;American College of Medical Genetics ACMG Minimum List (56 genes);对临床医生最重要关键信息;信息的有效性和适用范围;大合作大数据的重要性;;常用数据库资源与工具;DNA变异数据查询;基因的相关信息;常见病的易感基因;基因表达的信息;遗传学以外的生物信息学;计算需求;临床遗传学实验室的基本信息学装备与管理;生物信息学的基本技能;小结;分析流程;基因定位;以家系或群体样本，通过连锁或关联分析，以统计概率判断基因在基因组中位置 数据分析流程： 数据质量评估与控制、过滤 确定基因型 数据进一步过滤（按等位基因频率等） 群体结构分析 关联或连锁分析;分析软件;常用的家系关系和基因型错误检查软件;Imputation软件;常用连锁分析软件;全基因组关联分析（GWAS）软件;变异检测;变异检测;DNA测序分析;基于Sanger测序的数据分析;DNASTAR / ;Softgenetics /;杂合性Indel检测输出图例，图中正向显示一杂合性TT缺失的de-convolution;基于NGS的数据分析;NGS数据分析基本流程;NGS数据分析基本流程;FASTQ 格式;变异检测 运用 GATK/MuTect/VarScan/Atlas2 /Samtools /SVDetect /Polymutt等工具包，查找 SNP和 Indel、缺失、插入、倒位、易位、CNV等 实践显示，多种不同软件共同识别的变异有更高的可靠性，因此有建议使用consensus calls 生成VCF（Variant Call Format）文件 变异注释 运用 Annovar、SeattleAnnotation、GenomeTrax等工具对每一变异筛查dbSNP、1000genomes、PolyPhen、SIFT、 ESP 、 HGMD、OMIM、KEGG Pathway、CNV、DGV等数据库，评估表型或疾病风险 ;VCF 格式;6. 变异筛选 （举例，并非唯一方案） ;SNP和indel变异检测软件;GATK Best Practices （ /gatk/guide/best-practices） ;Atlas2 全外显子测序的变异检测综合分析包 采用逻辑回归模型和简单启发式过滤法 检测出的SNP和Indel准确性高、灵敏度高 Ploymutt 检测家系内的SNP和点突变 能结合家系遗传关系找出家系内共有变异，给出每个变异的可信度, 并提供一些过滤功能 Samtools 针对外显子和全基因组重测序数据 包含一系列工具分析处理序列比对结果 可检测SNP和Indel变异，其检出的SNP准确性略高于GATK，但灵敏度稍低，Indel的准确性较低 ;Hiseq Analysis Software（HAS) Illumina开发的针对HiSeq测序仪系列和MiSeq测序仪的专用数据分析软件 对外显子或全基因组测序数据进行快速比对并检测突变 外显子测序突变检测，运用当前广为使用的BWA+GATK突变检测法检测SNP和Indel 全基因组重测序突变检测，运用最新开发的Isaac算法，对大量数据进行快速高效地比对并检测与疾病相关的SNP和Indel变异，其结果的灵敏性与准确性与BWA+GATK的结果相差不大，但运行效率比BWA+GATK快5倍以上;HAS的Isaac运行效率与BWA+GATK的比较，SNP和indel（SNV）检测的对比 （/documents/products/whitepapers/whitepaper_isaac_workflow.pdf）;SNP和indel变异检测软件;结构变异（SV）检测;SV检测软件;Breakdancer 适于短片段paired-end测序 可检测插入、缺失、倒位、染色体之间和染色体内的异位 GASVPro Breakpointer CLEVER Pindel SVMerge——可比较并整合多个分析工具的结果 ;CNV检测软件;readDepth 预测断裂点位置和拷贝数个数较好 假阴性较低 EWT 较好地预测断裂点位置 假阴性和假阳性较低 运行效率较高，消耗内存较少 CNVnator 假阴性较低 FREEC 假阳性较低 运行效率较高，消耗内存较少 SegSeq 假阳性较低 ;变异检测软件总结 (Pabinger, et al. Brief in Bioinform, 2013);;变异注释;变异注释;常见变异注释工具;变异注释工具比较(Pabinger, et al. Brief