生物信息技术应用 分子序列比对分析知识课件.pptVIP

成对序列比对举例 视黄醇结合蛋白(RBP)与水解牛乳蛋白(β-lactoglobulin)的比对结果 完全相同区 部分相似区 identity Similarity Gap 间隔 成对序列比对 完全匹配（complete match） 部分匹配（partial match） 对于蛋白质序列而言，不同但性质(size, charge, hydrophobicity, and polarity)相近的氨基酸常具有相似的功能。 　碱性aa、酸性aa、中性-非极性aa、极性aa 空位（gap） 源于序列片段的插入或缺失(insertion or deletion) 序列比对不同算法对于空位的处理方式有所不同，这直接影响了算法的适用性 局域比对搜索工具 BLAST Basic Local Alignment Search Tool 基于BLAST算法（Altschul et al, 1990）的序列比对搜索工具，由NCBI研发并维护，因其快速可靠、功能全面且使用方便而被广泛运用。 现行的BLAST算法为BLAST2。 程序 待测序列 数据库类型 说明 BlastN 核酸 核酸 在核酸库中比对核酸序列 BlastP 蛋白 蛋白 在蛋白库中比对蛋白序列 BlastX 核酸 蛋白 在蛋白库中比对核酸序列(用6种ORF翻译) tBlastN 蛋白 核酸 在核酸库