常见的新一代分子诊断技术在肿瘤精准医学中的应用.ppt

精准医学（肿瘤领域）检测方案设计和质控 基于新一代测序（NGS）的肿瘤精准医学检测产品设计 全球多中心数据整合和数据质控 基于iFISH-CTC技术的单细胞测序临床应用 肿瘤早期检测 肿瘤个体化诊疗方案 整合国际肿瘤数据库的基因Panel设计与应用 超高深度基因测序Panel的设计 肿瘤负荷、继发耐药监控 精准医学（肿瘤领域）检测方案设计和质控 基于新一代测序（NGS）的肿瘤精准医学检测产品设计 全球多中心数据整合和数据质控 新一代测序平台互补融合性 不同测序仪平台可以使用不同基因富集方法 PCR 捕获 PCR 捕获 Ion Ion Illumina Illumina 基因变异类型检测 I：突变 基因全长（全外显子）的所有点突变 影响因素：基因富集覆盖度（90%） 影响因素：测序深度（200X） 报告中的突变 % 灵敏度：1% 临床研究发现癌组织中CNV与Mutation共存肿瘤分型新概念（C型肿瘤，M型肿瘤） 2015年CSCO年会　厦门 基因变异类型检测 II：拷贝数变异 （Copy Number Variation, CNV） 基因变异类型检测 III：融合基因 NGS检测融合基因 RNA转录混合法 NCI-MATCH Sample Test --Oncomine Comprehensive Panel 肿瘤发病机制学说 肿瘤的器官发生学说 肿瘤的血液发生学说 肿瘤的泛感染发生学说及诊疗进展 50例接受缬更昔洛韦（Valcyte）治疗的胶质母细胞瘤患者2年生存率为62%，对照组为18%（P0.001）。治疗周期长的亚组预后更好，2年生存率可达70%和90% 上海xx医院使用xxx抗病毒药物治疗xxx瘤获得突破性进展 [N Engl J Med 2013 Sep 5;369(10):985-6 基于iFISH-CTC技术的单细胞测序临床应用 肿瘤早期检测 肿瘤个体化诊疗方案 iFISH-CTC技术 助力肿瘤精准医学研究 肿瘤早期iFISH-CTC检测数据 （2014.1----2015.8） 5363例统计 癌种 灵敏度 乳腺癌 95.93% 结直肠癌 93.18% 肝癌 81% 胰腺癌 97.73% 肺癌 91.67% 胃癌 92.59% 甲状腺癌 87% 食管癌 81.8% 2015年CSCO年会　厦门 癌症早期筛查 受检者信息 检测路径 病理检查 结果：低分化腺癌 手术切除腺癌 肿瘤早期综合检测及预防案例 ----福建x州xx医院 循环肿瘤细胞检测 体内存在肿瘤细胞 提示癌组织特征及用药指导 发现 22 个 肿瘤细胞 影像学显示右肺弥漫状阴影 （纤维化/癌变） 激光显微切割 单个CTC肿瘤细胞 单细胞全基因组 测序分析 1 2 3 4 5 定期随访和复查 6 癌标NSE ：72.6（17参考值） 肺癌高风险分析：XPC基因突变 提示：肺癌家族 CTC降为0 CTC升为2 基于iFISH-CTC技术的单细胞测序临床应用 肿瘤早期检测 肿瘤个体化诊疗方案 2013年解放军总医院 临床诊断：小细胞肺癌 样本：芝麻大小肺组织样本 单细胞测序技术临床应用 2012年12月《Science》发表的单精子测序技术 单细胞测序 典型案例 全基因组信号转导功能缺陷分析 Category Whole genome Only coding regions Region/function exonic 16375 stopgain SNV 54 exonic,splicing 246 stoploss SNV 10 splicing 81 nonsynonymous SNV 7766 ncRNA_exonic 6648 synonymous SNV 8514 ncRNA_splicing 37 other 277 ncRNA_UTR3 377 ? ? ncRNA_UTR5 36 ? ? ncRNA_intronic 98797 ? ? UTR5 2628 ? ? UTR3 21487 ? ? UTR5,UTR3 7 ? ? intronic 1167336 ? ? upstream 15379 ? ? downstream 19054 ? ? upstream,downstream 468 ? ? intergenic 2117152 ? ? Total ? 3466108 ? 16621 Heterozygosity Het 1945649 ? 8799 Hom 1520459 ? 7822 Het rate 0.56 ? 0.53 Ts Tv transition 2324651 ? 12628 transversion 11