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3）基因区域的预测 在完成序列的拼接后，我们得到的是很长的DNA序列，甚至可能是整个基因组的序列。这些序列中包含着许多未知的基因，下一步就是将基因区域从这些长序列中找出来。 所谓基因区域的预测，一般是指预测DNA顺序中编码蛋白质的部分，即外显子部分。不过目前基因区域的预测已从单纯外显子预测发展到整个基因结构的预测。这些预测综合各种外显子预测的算法和人们对基因结构信号(如TATA box和加尾信号)的认识，预测出可能的完整基因。 （4）基因或蛋白质功能预测 用实验手段证实一个预测的新基因后，下一步要做的就是寻找这个基因的功能。----即功能基因组学 蛋白质功能预测分析，主要是分析目的蛋白质是否与具有功能信息的已知蛋白质相似。策略有二： 同源序列分析 功能区相关的保守序列特点分析。 （5）分子进化的研究 通过上述种种方法我们可以预测出一个新基因可能具有的功能。然而预测新基因只是生物信息学研究的一个方面，这门学科的根本目标是探究隐藏在生物数据后面的生物学知识。 对于基因组研究来说，一个重要的研究方向就是分子序列的进化。通过比较不同生物基因组中各种结构成分的异同，可以大大加深我们对生物进化的认识。这方面的研究已逐步形成一个称为比较基因组学（Comparative Genomics）的新学科。 Human genome shares 223 genes with bacteria-ge