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DNA甲基化与临床应用 目录 为什么熊猫是黑白的？ —— 基因决定命运 同卵双生的孪生子具有完全相同的基因组。但他们长大成人后在性格、健康方面往往存在很大差异。 先从表观遗传学谈起 相同的基因型 不同的表型 ? 基因 环境 表型 表观遗传学 现代表观遗传学 概念： 基因的DNA序列不发生改变的情况下，基因的表达水平与功能发生改变，并产生可遗传的表型。 表观遗传学的现象（基因表达的调控方式）： DNA甲基化---表观遗传学的核心（最初始的调控方式） 组蛋白修饰 MicroRNA Genomic imprinting 不同层次表达调控 DNA甲基转移酶： DNMT 胞嘧啶： Cytosine 5’-甲基胞嘧啶： 5-Methylctosine S-腺苷-甲硫氨酸： SAM S-腺苷- 高半胱氨酸：SAH DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5‘碳位以共价键结合一个甲基基团。 DNA甲基化的概念 DNA甲基转移酶(DNMT) 哺乳动物体内有三种DNA甲基化转移酶： ——DNMT1、 DNMT3A和DNMT3B。 DNMT1--- 持续性DNA甲基转移酶；与甲基化相关，缺乏引起基因组低甲基化，染色体缺失、重排、突变畸形。 DNMT3A、DNMT3B--- 从头甲基转移酶；与去甲基化相关，在胚胎干细胞和早期胚胎中高度表达，缺乏引起胚胎死亡，在肿瘤组织中广泛高表达。 通常启动子和第一个外显子区，CpG序列密度非常高，超过均值5倍以上，成为鸟嘌呤和胞嘧啶的富集区。 结构基因组中70%～ 90% 的独立CpG 都被甲基化, 未甲基化的CpG 成簇地聚集形成CpG 岛 约有60％以上基因的启动子含有CpG岛。 — 是结构基因启动子的核心序列和转录起始点。 CpG岛（CpG island） 预测软件 http://pbil.univ-lyon1.fr/software/cpgprod_query.html http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/cpgplot/ 目录 DNA甲基化的生物学作用 在发育和分化中调控基因的表达 转录抑制 特征性表型基因的表达（肤色、毛发） X染色体的失活（X-inactivation ） 基因印记 碱基突变 肿瘤代谢 DNA甲基化作为一种可遗传的表观遗传修饰，在体细胞增殖过程中通过依赖于DNA复制的DNA甲基转移酶Dnmt1稳定地传递给子细胞。但在胚胎发育的不同时期，基因组范围内的DNA甲基化水平会发生剧烈的改变，改变最剧烈的阶段为配子形成期与早期胚胎发育阶段，甲基化模式在配子形成时已经建立。 DNA甲基化与胚胎发育 DNA甲基化在动物胚胎和生殖细胞发育过程中的重编程 CPG island的功能：通过甲基化与去甲基化，调控下游基因的表达 —— 基因表达的调控开关 转录抑制 影响基因表达 直接抑制基因表达或甲基化的 CpG双核苷酸序列可被甲基结合蛋白家族 识别，而后者可通过吸引补充组蛋白去乙酞化酶和组蛋白甲基化转移酶等组蛋白修饰蛋白质来改变染色质的活性 ，以间接方式影响基因表达。 IAP: intracisternal A particle 去甲基化：灰鼠基因（agouti）仅微量表达 甲基化：基因超量表达 特征性表型基因的表达 X染色体的失活 X染色体的失活（X-inactivation ）：生长发育过程中，雌性哺乳类动物细胞中的两条X染色体其中一条失去活性的现象。 研究发现失活的染色体上DNA序列都呈高度甲基化，导致绝大多数基因转录处于关闭状态。 避免因拥有两条X染色体而产生双倍 基因产物，保持和雄性动物X染色体 数量及功能上的一致性。 基因组印记？ 组织或细胞中，基因的表达具有亲本选择性，即只有一个亲本的等位基因表达，而另一亲本的等位基因不表达或很少表达的现象，相应的基因则称为印记基因。 父系不表达称父系印记 母系不表达称母系印记 基因印记 差异甲基化区域 差异甲基化区域(differentially methylated region，DMR)，是指染色体上甲基化状态具有亲本特异性的区域，即来源于不同亲本的DNA序列甲基化状态不同的区域 差异甲基化主要发生在基因的启动子区，少数在外显子，现已发现的印记基因大多数具有DMR或受DMR调控。 碱基C T突变 碱基突变