崇明东滩夏冬季表层沉积物细菌多样性研究.PDF

中国环境科学 2012,32(2) ：300~310 China Environmental Science 崇明东滩夏冬季表层沉积物细菌多样性研究 1 2* 1 1 1 1 3 郑艳玲 ,侯立军 ,陆 敏 ,刘 敏 ,谢 冰 ,李 勇 ,赵 慧 (1.华东师范大学资源与环境科学学院,上 海 200062 ；2.华东师范大学河口海岸学国家重点实验室,上海 200062 ；3.上海植物园科研中心,上海 200231) 摘要： 以长江口崇明东滩高、中、低潮滩夏、冬两季表层沉积物中基因组 DNA 为模板,PCR 扩增样品中细菌 16S rRNA 基因 V3 区片段, 通过克隆、测序,构建相应基因文库.系统发育分析结果表明,崇明东滩高、中、低潮滩表层沉积物共包含 12 个主要门类的细菌:变形菌门 (Proteobacteria)(α-、β-、γ- 、δ-和 ε-亚群)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、 厚壁菌门(Firmicutes) 、螺旋体门(Spirochaetes) 、疣微菌门(Verrucomicrobia) 、浮霉菌门(Planctomycetes) 、绿菌门(Chlorobi) 、网团菌门 (Dictyoglomi) 、硝化螺旋菌门(Nitrospirae),此外还存在大量未被认知的序列. 中潮滩和低潮滩的优势菌为变形菌,高潮滩的优势菌为拟杆 菌.DOTUR 多样性分析结果表明,崇明中潮滩细菌多样性最高,低潮滩次之,高潮滩最低;夏季细菌多样性高于冬季.夏、冬两季细菌群落差异 高潮滩最大,低潮滩次之,中潮滩最小. 关键词：沉积物；细菌；多样性；16S rRNA；PCR ；克隆；长江口 中图分类号：X172 文献标识码：A 文章编号：1000-6923(2012)02-0300-11 The bacterial diversity in surface sediments from Chongming Eastern tidal flat in summer and winter. ZHENG Yan-ling1 2* 1 1 1 1 3 , HOU Li-jun , LU Min , LIU Min , XIE Bing , LI Yong , ZHAO Hui (1.College of Resource and Environmental Science, East China Normal University, Shanghai 200062, China ；2.State Key Laboratory of Estuarine and Coastal Research, East China Normal University, Shanghai 200062, China ；3.Research Center, Shanghai Botanical Garden, Shanghai 200231, China). China Environmental Science, 2012,32(2)：300~310 Abstract ：Based on the total DNA extracted from the surface sediments of Chongming eastern tidal flat in the Yangtze estuary in summer and winter, the V3 area of 16S rRNA gene of bacteria were amplified. PCR products were cloned and sequenced, and 16S rRNA gene libraries wer