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通过人鼠间序列比对确定保守的调节元件 理论依据 进化的压力（Evolutionary pressure）使得不同物种间某些基因组序列呈现保守性； 这些保守的序列很可能具有某种重要的生物学功能，如外显子，基因的调控元件； 亲缘关系近的生物具有较多的共同特征，而亲缘关系远的生物则较少； 理论依据 进行序列比对时，选择亲缘关系近的生物能得到较多的保守序列，而选择亲缘关系远的生物则保守序列较少，甚至没有； 进行序列比对时选择哪种比对方式更好： 选择亲缘关系近的生物：如human/baboon(狒狒) 选择亲缘关系远的生物：如human/fugu(河豚) 理论依据 渔网的网眼大小决定了捕获的鱼的大小和数量。网眼太小虽然可以捕获更多的鱼，但也会捞到更多的杂物；网眼太大虽然减少了捞到的杂物数量，但会漏掉很多个头虽小但价格昂贵的鱼； 出海捕鱼时选择合适的渔网非常重要。 理论依据 进行序列比对时也要选择亲缘关系适宜的生物进行序列比对，以便既能得到尽可能多的信息，又能最大程度的较少工作量。 理论依据 一般情况下，保守序列的选择标准：相同≥70% 且≥100 bp 以次为标准，human/mouse之间存在大约1百万bp的保守序列 其中有20%是外显子，那么其余的80%是否具有生物学功能呢？ Example 1 Human 的5q31存在一个细胞因子基因簇(cytokine gene cluster，包括5个IL 和 18个其它基因 )； 通过比较human的5q31和mouse基因组相应的区域，大约1-Mb左右，确定了90个保守的非编码序列(≥70% identity over ≥100 bp)。 Example 1 在这90个保守的非编码序列(conserved noncoding sequences, CNS)中，有几个是已经明确的调节元件； 有1个400bp且human/mouse同源性为87%的序列此前未明确功能，位于IL-4 和 IL-13间长达15-kb的间隔中，命名为conserved noncoding sequence 1 (CNS1)； Example 1 通过transgenic 和 knockout mouse实验发现：CNS1影响IL-4、IL-5、 IL-13三个基因的表达，而这三个基因间隔约120 kb ； 后续的实验表明：CNS1存在能共调节(coactivate) IL-4、IL-5、 IL-13的转录因子结合位点。 Example 2 通过研究human、mouse、chicken、fugu(河豚)、和zebrafish的stem cell leukemia (SCL) gene临近的序列发现，human/mouse序列中所有的外显子和8个调节元件均保守，而human/chicken和human/fish的序列仅部分保守； Example 3 通过human/mouse/rat进行renin gene 相邻序列的比对发现，在hREN、mREN1、mREN2和rnREN的序列上游存在一段3.9-kb 保守的非编码序列 (hRENc), 在human基因组中位于hREN上游11–15 kb 处，这段序列中存在已经明确的调节元件 个人实践 个人实践 经过序列比对分析，发现CNS1大约260bp，CNS2大约120bp，共计380bp左右。 如果不进行序列比对，应该在除外显子外的序列和上下游数千bp寻找调节元件。 PTTG1序列较短，全长仅6,882bp，如果基因全长为数十K bp，那又该如何呢？ 个人实践 15,000＞＞380 15,000:380≈39:1 谢谢您 认真的聆听 * 来永庆 β-globin gene promoter human/chicken 的ConSite比对结果 β-globin gene promoter human/mouse 的ConSite比对结果 β-globin gene promoter human/cow的ConSite比对结果 β-globin gene promoter human/Macaque monkey 的ConSite比对结果 基因ST7的VISTA比对结果 基因ST7的PipMaker比对结果 Human、mouse、rat的renin基因 临近序列的比对结果 16,882bp Human PTTG1 sequence 15,718bp Mouse PTTG1 sequence 5,000bp 5,000bp 5,000bp 5,000bp 6,882bp 5,718bp VISTA序列比对结果 MAVID序列比对结果 ConSite序列比对结果 *