广东1株百日咳鲍特菌分离株的全基因组测序分析-华南预防医学.PDF

华南预防医学２０１８年８月第４４卷第４期　 ＳｏｕｔｈＣｈｉｎａＪＰｒｅｖＭｅｄ，Ａｕｇｕｓｔ２０１８，Ｖｏｌ４４，Ｎｏ４ ·３０１· ·论著 · 广东省 １株百日咳鲍特菌分离株的 全基因组测序分析 １ １ １ ２ １ １ １ １ 李柏生 ，刘美真 ，宋铁 ，梁景涛 ，柯碧霞 ，谭海玲 ，何冬梅 ，梁宇恒 ， １ １ 柯昌文 ，张永慧 　　【摘要】　目的　了解２０１７年广东省１株百日咳鲍特菌（简称百日咳杆菌）分离株的基因特征。 方法　对２０１７年广东省百日咳杆菌分离株（ＢＰ＿ＧＤ２０１７）进行全基因组测序，分析这株菌的ｐｔｘＳ１、 ｐｒｎ、ｆｉｍ２、ｆｉｍ３等主要抗原基因，并与我国的百日咳杆菌疫苗生产株 ＣＳ株的抗原基因序列以及 ＧｅｎＢａｎｋ中收录的百日咳基因序列进行比较分析，同时应用ｗｇＳＮＰｓ方法与ＮＣＢＩ上获取的３１株国 内外百日咳杆菌的基因组进行遗传进化分析。结果　广东分离株 ＢＰ＿ＧＤ２０１７的基因组大小为 ３６４ＭＢ，Ｇ＋Ｃ含量６７．７４％，ｒＲＮＡ操纵子３个，分别是５Ｓ、１６Ｓ和２３Ｓ，４６个ｔＲＮＡ，基因组结构和特 征与我国疫苗生产株ＣＳ株以及其他地区和时间分离的百日咳杆菌基因组相似。分离株的ｐｔｘＳ１基 因为Ａ型、ｐｒｎ基因为２型，均与我国疫苗生产株ＣＳ株不同，ｆｉｍ２和ｆｉｍ３基因的氨基酸序列与我国 疫苗生产株ＣＳ株同源性为１００％。ｗｇＳＮＰｓ基因进化显示与我国疫苗生产株ＣＳ株在不同的进化分 支，而与近年来流行的其他地区（美国、英国、荷兰和挪威等地）分离株处于同一进化分支。结论　 广东省这株百日咳分离株与我国疫苗生产株ＣＳ株的主要抗原基因序列存在一定变异，遗传进化分 支选择也出现了改变，通过比较分析不同国家或地区的分离株，可以从基因组水平上更加准确地分 析基因重组、突变和进化，可以为制定百日咳疫苗免疫策略以及新型无细胞百日咳疫苗的研发提供 支撑。 【关键词】　百日咳鲍特菌；　病原学特征；　全基因组测序分型 中图分类号：Ｒ１８３．３　　文献标识码：Ａ　　文章编号：１６７１－５０３９（２０１８）０４－０３０１－０６ ＷｈｏｌｅｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇａｎａｌｙｓｉｓｏｆＢｏｒｄｅｔｅｌｌａｐｅｒｔｕｓｓｉｓｓｔｒａｉｎｉｓｏｌａｔｅｄｉｎＧｕａｎｇｄｏｎｇＰｒｏｖｉｎｃｅ　ＬＩ １ １ １ ２ １ １ １ Ｂａｉｓｈｅｎｇ，ＬＩＵＭｅｉｚｈｅｎ，ＳＯＮＧＴｉｅ，ＬＩＡＮＧＪｉｎｇｔａｏ，ＫＥＢｉｘｉａ，ＴＡＮＨａｉｌｉｎｇ，ＨＥＤｏｎｇｍｅｉ，ＬＩ １ １ １ ＡＮＧＹｕｈｅｎｇ，ＫＥＣｈａｎｇｗｅｎ，ＺＨＡＮＧＹｏｎｇｈｕｉ．１．ＧｕａｎｇｄｏｎｇＰｒｏｖｉｎｃｉａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒＤｉｓｅａｓｅＣｏｎｔｒｏｌ ａｎｄＰｒｅｖｅｎｔｉｏｎ，Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ５１１４３０，Ｃｈｉｎａ；２．ＦｏｓｈａｎＣｅｎｔｅｒｆｏｒＤｉｓｅａｓｅＣｏｎｔｒｏｌａｎｄＰｒｅｖｅｎｔｉｏｎ 【Ａｂｓｔｒａｃｔ】　Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ　ＴｏａｎａｌｙｚｅｇｅｎｅｔｉｃｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｏｆａＢｏｒｄｅｔｅｌｌａｐｅｒｔｕｓｓｉｓｓｔｒａｉｎｉｓｏｌａｔｅｄｉｎ ＧｕａｎｇｄｏｎｇＰｒｏｖｉｎｃｅ．Ｍｅｔｈｏｄｓ　ＡＢｏｒｄｅｔｅｌｌａｐｅｒｔｕｓｓｉｓｓｔｒａｉｎｉｓｏｌａｔｅｄｉｎＧｕａｎｇｄｏｎｇＰｒｏｖｉｎｃｅｉｎ２０１７ （ＢＰ＿ＧＤ２０１７）ｗａｓａｎａｌｙｚｅｄｂｙｗｈｏｌｅｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．ＦｏｕｒａｎｔｉｇｅｎｉｃｇｅｎｅｓｏｆｐｅｒｔｕｓｓｉｓｔｏｘｉｎＳｌｓｕｂ ｕｎｉｔ（ｐｔｘＳｌ），ｐｅｒｔａｃｔｉｎ（ｐｒｎ），ｆｉｍｂｒｉａｅ２（ｆｉｍ２）ａｎｄｆｉｍｂｒｉａｅ３（ｆｉｍ３）ｗｅｒｅｃｏｍｐａｒｅｄｗｉｔｈｔｈｏｓｅｏｆｔｈｅｉｓｏ ｌａｔｅｓｉｎＧｅｎＢａｎｋａｎｄｔｈｅｉｓｏｌａｔｅＣＳｗｈｉｃｈｗａｓｕｓｅｄｉｎｔｈｅｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎｏｆｐｅｒｔｕｓｓｉｓｖａｃｃｉｎｅｉｎＣｈｉｎａ．Ｔｈｅ ｗｇＳＮＰｓｍｅｔｈｏｄｗａｓａｌｓｏａｐｐｌ