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DAVID用方法介绍
DAVID 使用说明文档
一、 DAVID 简介
DAVID (the Database for Annotation ,Visualization and Integrated Discovery )的网址是/ 。 DAVID 是一个生
物信息数据库,整合了生物学数据和分析工具,为大规模的基因或蛋白列表(成百上千个基因ID 或者蛋白ID 列表)提供系统综合的
生物功能注释信息,帮助用户从中提取生物学信息。
DAVID 这个工具在2003 年发布,目前版本是v6.7 。和其他类似的分析工具,如GoMiner,GOstat 等一样,都是将输入列表中的基因
关联到生物学注释上,进而从统计的层面,在数千个关联的注释中,找出最显著富集的生物学注释。最主要是功能注释和信息链接。
二、 分析工具:
DAVID 需要用户提供感兴趣的基因列表,在基因背景下,使用提供的分析工具,提取该列表中含有的生物信息。这里说的基因列表和
背景文件的选取对结果至关重要。
1. 基因列表:这个基因列表可能是上游的生物信息分析产生的基因 ID 列表。对于富集分析而言,一般情况下,大量的基因组成的列
表有更高的统计意义,对富集程度高的特殊Terms 有更高的敏感度。富集分析产生的 p-value 在相同或者数量相同的基因列表中具
有可比性。
DAVID 对于基因列表的格式要求为每行一个基因ID 或者是基因ID 用逗号分隔开。基因列表的质量会直接影响到分析结果。这里定
性给出好的基因列表应该具有的特点,一个好的基因列表至少要满足以下的大部分的要求:
(1) 包含与研究目的相关的大部分重要的基因(如标识基因)。
(2 ) 基因的数量不能太多或者太少,一般是100 至10000 这个数量级。
(3 ) 大部分基因可以较好的通过统计筛选,例如,在控制组和对照组样品间选择显著差异表达基因时,使用的 t-test 标准:fold
changes =2 P-values =0.05 。
(4 ) 大部分是上下调的基因都涉及到特定的某一生物过程,而不是随机的散布到所有可能的生物过程中。
(5 ) 一个好的基因列表比起随机产生的一个基因列表,应该含有更丰富的生物信息。
(6 ) 在同样的条件下,列表具有高度可重复性。
(7 ) 高通量数据的质量能够被其他独立的实验证实。
以上(2 ),(3 ),(6 ) (7 )是来自上游的数据标准,DAVID 会自动检查其余的各项要求,即(1),(4 ) (7 )。
2. 基因背景:在一项研究中,如果一个生物过程不正常,那么通过高通量筛选技术,对该过程共同作用的基因有更大的可能性被选为
相关的一组。富集分析正是以此为基础。为检测富集的程度,必须选取一个背景来进行对比。基因背景的选取有一个指导原则,就
是必须构建一个足够大的,研究者可能涉及的所有基因的集合。用户使用默认的背景文件(默认为该物种的所有基因),或者是上
传一个基因列表文件作为基因背景。
3. DAVID 为实现各项功能分析,提供了以下4 个分析内容(共6 个分析工具):
(1) Gene Name Batch Viewer
这个工具能够实现将基因 ID 迅速翻译成基因名称,从而给研究者对于基因ID 列表一个直观的印象,初步判断基因列表是否符
合要求目的。
图1 中显示了该工具的分析结果,具体说明图1 中标注。
图1 Gene Name Batch Viewer 的分析结果
(2 ) Gene Functional Classification
这个工具是Gene Name Batch Viewer 工具的延伸。由于基因名称并不能显著体现基因的功能,所以我们需要更加有效的功能分
类工具。该工具基于它们共同的注释信息,而不是基因名称,采用全新的模糊聚类算法,能够实现将功能相关的基因聚到一起
作为一个单元,在生物学网络水平上去研究这些基因群。对聚类结果打分,分值越高,代表该组内的基因在基因列表中越重要。
同时还提供了2-D View ,以热图形式展现聚类到同一组的基因和该组内各个Term 之间的关系。
结果见图2 ,将列表中的基因ID 作为聚类对象,将功能相关的基因分组显示。图3 是以热图形式展示的gene-term 关系。
图2 Gene Functional C
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