附录理论计算部分.PDF

附錄: 理論計算部分 (此理論計算部份使用鄭秀瑤教授實驗室Acer 四核心 cpu 電腦 , Guassian 軟體進行計算) 一 .計算之化合物 , 在DNA 切割試劑 ” DMQ-MA-胺基酸-Arg-OMe ”。為探討不同胺基酸對DMQ-MA , 系列有不同優異的切割效果 用以下4 種DMQ-MA 系列化合物 作理論計算探討不同胺基酸對DNA 切割效果的影響 : 1. DMQ-MA-Gln-Arg-OMe 2. DMQ-MA-Leu-Arg-OMe 3. DMQ-MA-Val-Arg-OMe (佘亮教授研究生 吳佳蓉 合成) 4. DMQ-MA-Phe-Arg-OMe (佘亮教授研究生 高君翰 合成) “DMQ-MA-胺基酸-Arg-OMe” 這些化合物結構龐大 , 分子量平均在550 以上 , , , 把整個結構拿去做計算 不易算出 故在做計算時採用只計算胺基酸部份。 (圖示紅色部份) , 兩端以氫原子取代簡化。( 以DMQ-MA-Gln-Arg-OMe 為例說明 ) OH H CO OCH H H O H 3 3 H H O H H O H N C C N H N C C N C C OCH3 S CH2 O OH O CH2 H N O 2 H N O CH 2 2 NH C NH NH2 DMQ-MA-Gln-Arg-OMe I 計算方法: Geometry optimization : AM1 (semiempirical method ) Property : (density functional theory) B3LYP /6-31G Calculate charge : Mulliken charge 紅色 : O 藍色 : N 深灰色 : C 淺灰色 : H 1. DMQ-MA-Gln-Arg-OMe (DQRO) H H O H H N C C N H O H N O 2 II 計算數值: (1). dipole moment = 2.7834 Debye (2). Formcharge C : - 0.022