蛋白质结构研究报告.pptVIP

蛋白质结构的四个基本层面 二、蛋白质结构分类数据库 描述了结构和进化关系。 SCOP数据库从不同层次对蛋白质结构进行分类，以反映它们结构和进化的相关性。 第一个分类层次为家族，通常将序列相似性程度在30%以上的蛋白质归入同一家族，有比较明确的进化关系。 超家族：序列相似性较低，结构和功能特性表明它们有共同的进化起源，将其视作超家族。 折叠类型：无论有无共同的进化起源，只要二级结构单元具有相同的排列和拓扑结构，即认为这些蛋白质具有相同的折叠方式。在这些情况下，结构的相似性主要依赖于二级结构单元的排列方式或拓扑结构。 蛋白质结构分类数据库CATH 类型Class、构架Architecture 、拓扑结构Topology和同源性Homology 。 分类基础是蛋白质结构域。与SCOP不同的是，CATH把蛋白质分为4类，即a主类、b主类，a-b类（a/b型和a+b型）和低二级结构类。低二级结构类是指二级结构成分含量很低的蛋白质分子。 CATH数据库的第二个分类依据为由α螺旋和β折叠形成的超二级结构排列方式，而不考虑它们之间的连接关系。 NMR 和X射线晶体学是能够在原子水平上揭示蛋白质和其他生物分子三维结构的仅有的两种技术。 x 射线方法能给出高分辨率的图像，但需要晶体，而 NMR 方法能研究溶液中的蛋白质结构，只要提供一定浓度的溶液（对一个15 x 103 蛋白质约 15mg / ml