大壁虎的分子系统发育研究-生物化学与分子生物学专业论文.docx

目 录 摘 要 I Abstract II 第一章 文献综述 1 1.1 大壁虎的研究概况 1 1.1.1 大壁虎的命名及分布 1 1.1.2 大壁虎的形态特征 1 1.1.3 大壁虎的生物学特性 1 1.1.4 大壁虎的研究进展及存在问题 2 HYPERLINK \l _TOC_250000 1.2 动物线粒体 DNA 的研究进展 4 1.2.1 动物线粒体基因组的结构特点 4 1.2.2 动物线粒体基因组的优势 5 1.2.3 动物线粒体 DNA 在分子系统学上的应用 5 1.3 分子生物学技术在系统分析中的应用 6 1.3.1 序列分析 6 1.3.2 DNA 标记片段 6 1.3.3 系统树的构建方法 7 1.4 本研究的目的意义 8 第二章 红斑大壁虎线粒体基因组全序列的结构分析 9 2.1 材料与方法 9 2.1.1 线粒体基因组总 DNA 的提取 9 2.1.2 引物设计 9 2.1.3 PCR 扩增及序列测定 11 2.1.4 序列的拼接与分析 11 2.2 结果与分析 11 2.2.1 线粒体基因组的结构和碱基组成 11 2.2.2 蛋白质编码基因 13 2.2.3 rRNA 和 tRNA 基因 14 2.2.4 非编码区 17 2.2.5 轻链复制起始区 17 2.3 讨论 18 第三章 红斑大壁虎线粒体基因组全序列与壁虎下目的系统发生 19 3.1 物种选择与序列比对 19 3.2 系统发生树的构建 20 3.3 结果与讨论 22 第四章 基于细胞色素 b 基因与 D-loop 区的黑斑大壁虎与红斑大壁虎种群的系统发育关系 23 4.1 材料与方法 23 4.1.1 实验材料 23 4.1.2 实验试剂 23 4.1.3 实验仪器设备 23 4.1.4 实验方法 24 4.2 结果与分析 25 4.2.1 基于细胞色素 b 基因数据分析 25 4.2.2 基于 D-loop 区序列的数据分析 28 4.2.3 基于细胞色素 b 基因和 D-loop 区序列联合的数据分析 32 4.3 讨论 36 第五章 结 论 38 参考文献 39 在读期间发表的论文 致 谢 第一章 文献综述 1.1 大壁虎的研究概况 1.1.1 大壁虎的命名及分布 大壁虎（Gekko gecko）属于脊椎动物亚门（Vertebrata），爬行纲（Reptilia），有磷 目（Squamata），蜥蜴亚目（Lacertilia），壁虎科（Gekkonidae），壁虎属(Gekko)动物[1]。 大壁虎是 1758 年林奈根据印度尼西亚爪哇的标本而定名的，俗称蛤蚧，是我国国家二级 重点保护动物。大壁虎是我国名贵的中药材，我国古代很多本草及药典都对大壁虎的药用 价值有记载。北回归线附近的亚热带石灰岩地区是大壁虎栖息的主要区域，国外主要分布 在越南、印度、老挝、中印半岛、缅甸、马来西亚、泰国、印度尼西亚等东南亚的大部分 地区[2]。在我国仅见于广西、广东、海南、云南、福建、台湾等省区的石山中，其中，广 西是分布最广的地区，全省各个地区内都有分布[3]。 1.1.2大壁虎的形态特征 大壁虎身体呈长圆形，头部较大，呈扁平三角，吻钝圆，体背腹稍扁，皮肤比较粗糙， 有颗粒状细鳞，上唇鳞一般有12 -14枚，喉区粒鳞较小，鼻间鳞较大，腹部的鳞片呈瓦片 状，尾背的鳞片平滑有规则，且具环纹[4]。大壁虎体重一般在60 g 至80g 之间，也有一些 达到100g以上，体长一般在120 mm 至160 mm之间。雄性大壁虎颈部较雌性的稍粗短，尾 基两侧的鳞突也比雌性的明显，这是从外形鉴别雌雄的重要特征之一。雄性后肢股部腹面 有一排鳞, 鳞上有圆形股孔, 成“八字形排列，这也许与雄性生殖机能有关，雌性没有股 孔或不明显，这一特征也可以用来鉴别大壁虎的雌雄 [2]。大壁虎的体色变异比较大，大壁 虎体色的基色有绣灰色、黑色、青黑色、深灰色、灰褐色、青蓝色、灰蓝色、黑褐色等， 头部和背部的横条纹也有多种颜色，如有蓝褐色、褐色、青灰色、黑色、深灰色等。体色 与所栖息环境有关，生活在山林中的大壁虎的体色比生活在石山区的体色深。大壁虎皮肤 上的色斑也有较大的变异，有学者根据大壁虎体色和斑点的差异将其分为红斑大壁虎和黑 斑大壁虎[5]。 1.1.3 大壁虎的生物学特性 大壁虎的生活习性 大壁虎分布在北回归线附近以南的石灰岩地带，常栖息在岩缝、石洞或树洞内，偶 尔在人们住宅附近也能发现其踪迹[6]。大壁虎喜欢生活在气温较高、植被茂密、昆虫 丰富的环境。大壁虎栖息是非随机的，未成年的大壁虎白天藏于石缝深处，无固定栖息 点，性成熟后才固定栖息，栖息地多