武汉大学超算中心2018用户培训讲义.pptxVIP

超 算 中 心Supercomputing Center of Wuhan University2018用户培训2018 INSTRUMENTS USER GUIDE/hpc@(027)录第四章第二章第一章第三章用户上机指南超算中心介绍Contents程序编译及其它作业调度系统24315主要性能指标第一章硬件资源超算中心介绍软件资源系统及存储并行环境1主要性能指标7632个CPU核心，峰值计算能力300万亿次/秒万兆IP计算节点配置（万兆互联）类型CPU内存硬盘数量Hp Appollo2000服务器（节点名：node0001-node0255） xg队列2*Intel Xeon E5-2630 v3 x86_64，2.4GHz，16核心96GB DDR4 2133MHz ECC240GB 固态硬盘255 56G InfiniBand计算节点配置（Infiniband交换机互联，一般用于MPI并行任务的提交）类型CPU内存硬盘数量Hp Appollo2000服务器（节点名：node0256-node0375） ib队列2*Intel Xeon E5-2630 v3 x86_64，2.4GHz，16核心96GB DDR4 2133MHz ECC240GB 固态硬盘120Inspur 英信服务器（节点名：node0376-node0415） pub队列2*Intel(R) Xeon(R) E5-2682 v4 x86_64，2.5GHz，32核心128GB DDR4 2400MHz ECC240GB 固态硬盘40Inspur 天梭服务器（节点名：m001-m002） fat队列8*Intel(R) Xeon(R) CPU E7-8880 v4，2.20GHz，176核心4TB DDR4 2400MHz ECC500GB 固态硬盘+8TB 机械硬盘2存储系统：10台IO节点，lustre并行文件系统，可用空间960TB类型CPU内存硬盘数量Dell R730机架式存储， IO节点（节点名：0ss01-oss10）Intel Xeon E5-2609 v2 x86_64，2.1GHz，6核32GB DDR3 1600MHz2*600GB SAS16*6TB SATA1*56Gbps FDR InfiniBand102超算节点02 01 03 管理节点登录节点计算节点节点名：n0001-n0251, n0253-n0254,n0256,m001-m002,计算节点分为四个分区。节点名为deploy，用户无权登录节点名为n0255，用户主登录节点，可以进行编译与通过作业调度系统提交作业。禁止直接在此节点上运行作业。3计算节点node0001-node0251node0376-node0415Hp Appollo2000服务器，hpxg计算节点，采用万兆互联方式。Inspur 英信服务器，pub计算节点，采用Infiniband交换机互联。一般用于MPI并行任务的提交。node0256-node0375m001-m002Inspur 天梭服务器，fat计算节点，采用Infiniband交换机互联。一般用于MPI并行任务的提交。Hp Appollo2000服务器，hpib计算节点，采用Infiniband交换机互联。一般用于MPI并行任务的提交。4计算环境 管理网络：千兆以太网 操作系统：x86_64架构的64位CentOS 6.6 Linux 编译器：Intel、PGI和GUN等C/C++、Fortran编译器 数值函数库：Intel MKL 并行环境：Intel MPI和Open MPI等，支持MPI并行程序；各节点内的CPU共享 内存，节点内既支持分布式内存的MPI并行方式，也支持共享内存的OpenMP并行方式；同时支持在节点内部共享内存，节点间分布式内存的混合并行模式。 资源管理和作业调度：SLURM 常用公公软件安装目录：/home/sof tware。请自己查看有什么软件，有些软件需要在自己~/.bashrc等配置文件中设置后才可以使用5系统拓扑51432Linux基本操作第二章帐户申请用户上机指南登录终端文件传输作业提交1Linux基本操作本章在介绍超算系统的上机指南之前，先简要介绍一下Linux的目录结构、路径使用以及一些基本命令。/-根：每一个文件和目录从根目录开始。只有root用户具有该目录下的写权限。/bin中 - 用户二进制文件。包含二进制可执行文件。在单用户模式下，你需要使用的常见Linux命令都位于此目录下/sbin目录 - 系统二进制文件。就像/bin，/sbin同样也包含二进制可执行文件。但是，在这个目录下的linux命令通常由系统管理员使用，对系统进行维护。例如：iptables、reb