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关于基因Seita.5G258300的生物信息学分析.PDF
关于基因Seita.5G258300 的生物信息学分析
Bioinformatics Analysis of
the Gene Seita.5G258300
汇报人：田 宝
时 间：2018.6.23
成 员：3G01、3G02、
3G03、3G11
主要内容
一、研究背景
二、基因结构分析
三、序列比对及分子进化树
四、基因功能预测分析
五、蛋白结构及功能的预测分析
六、CRISPR构建载体
七、使用到的工具
一、研究背景
• 1、与课题相关（3G01A_田宝）：
• 谷子叶夹角QTL位点QLA_5A候选基因的鉴定及功能研究
• 以豫谷1 ×青24重组自交系（RI群体）作为材料，使用QTL定位的
方法，定位到一段与控制叶夹角有关QTL区间，本研究对该位点的
候选基因进鉴定及功能研究。
• 谷子：属于C 光合途径的禾本科作物
4
• 二倍体自花授粉，基因组小（450Mb）
• 正式成为功能基因组研究的新模式作物
2 、实验室前期准备：
豫谷1×青24重组自交系
2015 河南安阳 QTL定位到了110kb左右区间
Chr.532182208
2016
黑龙江齐齐哈尔
候选基因：
2017
黑龙江齐齐哈尔
scaffold_5 （G A ）
NON_SYNONYMOUS_CODING (Seita.5G258300)
二、基因结构分析
• 1、在Phytozome中查找Seita.5G258300基因序列
注释信息和序列如下：
该基因编码番茄红素ε-环化酶，位于5号染色体上,物理位置为
32098931 ，基因组序列全长4245bp，转录组序列2168bp，
编码序列1623bp，有10个外显子，9个内含子，编码540个氨基酸。
2 、利用GSDS （Gene Structure Display Server）2.0在线软件作基因结
构图
G→A
TCAACAATGATCAAGACC
TCAACAATAATCAAGACC
M甲硫氨酸/I异亮氨酸
3 、找到突变位点的物理位置，用MEGA做序列对比
scaffold_5 （G → A ）
G→A
TCAACAATGATCAAGACC
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