榆树转录组ESTSSR引物开发及遗传多样性分析.PDFVIP

植物遗传资源学报２０１８，１９（１）：１５７⁃１６６　 Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ＤＯＩ：１０．１３４３０／ ｊ．ｃｎｋｉ．ｊｐｇｒ．２０１８．０１．０１８ 榆树转录组ＥＳＴ⁃ＳＳＲ 引物开发 及遗传多样性分析 左力辉，张　 双，梁海永，王进茂，杨敏生 （河北农业大学林学院／ 林木种质资源与森林保护重点实验室，保定０７１０００） 　 　 摘要：目前榆树已有的分子标记资源匮乏，无法满足榆树种质资源评价及分子标记辅助育种等相关研究需要。 本研究 对白榆叶片转录组数据进行ＥＳＴ⁃ＳＳＲ标记的检测和开发，检测引物在不同榆树资源中的可用性，并对不同榆树资源的多样 性进行分析。 本研究共检测到８８２８ 个精确型和５６９ 个复合型ＳＳＲ位点，ＳＳＲ序列长度主要以１０ ～２２ ｂｐ 的短序列为主。 ＳＳＲ重复单元比例最大的为Ａ／ Ｔ（３３３０，４０１８％），其次为ＡＧ／ ＣＴ（１２１１，１４６１％）和ＡＡＧ／ ＣＴＴ（５６８，６８５％）。 随机挑选 ９０ 对ＥＳＴ⁃ＳＳＲ 引物进行验证，有效扩增率为５１１１％（４６ 对），其中有６３０４％的引物（２９ 对）为高多态性引物，多态性信息 含量ＰＩＣ在００５４ ～０６８３ 间变化，极大地丰富了榆树的ＳＳＲ 引物资源。 聚类分析表明，绝大部分榆树无性系均按其起源 聚类，从侧面也证明了本研究开发的ＥＳＴ⁃ＳＳＲ 引物的有效性。 本研究开发的ＳＳＲ 引物可将绝大部分榆树资源进行区分，与 传统分类学相吻合，为榆科植物的分类提供了分子依据。 关键词：榆科；转录组；ＥＳＴ⁃ＳＳＲ；遗传多样性 ＥＳＴ⁃ＳＳＲ Ｐｒｉｍｅｒ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｅｌｍ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ Ａｎａｌｙｓｉｓ ＺＵＯ Ｌｉ⁃ｈｕｉ，ＺＨＡＮＧ Ｓｈｕａｎｇ，ＬＩＡＮＧ Ｈａｉ⁃ｙｏｎｇ，ＷＡＮＧＪｉｎ⁃ｍａｏ，ＹＡＮＧ Ｍｉｎ⁃ｓｈｅｎｇ （Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ，ＨｅｂｅｉＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ／ Ｔｈｅ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ ＧｅｒｍｐｌａｓｍＲｅｓｏｕｒｃｅｓ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔ Ｔｒｅｅｓ ａｎｄ Ｆｏｒｅｓｔｓ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ，Ｂａｏｄｉｎｇ ０７１０００） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ａｔ ｐｒｅｓｅｎｔ，ｔｈｅ ａｖａｉｌａｂｌｅｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｒｋｅｒｓｏｆ ｅｌｍｈａｖｅｂｅｅｎ ｓｅｒｉｏｕｓｌｙ ｄｅｆｉｃｉｅｎｔ，ｗｈｉｃｈ ｃａｎｎｏｔ ｍｅｅｔ ｔｈｅ ｎｅｅｄｓ ｏｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｒｋｅｒ ａｓｓｉｓｔｅｄ ｂｒｅｅｄｉｎｇ ａｎｄ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ．Ｉｎ ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ，ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｄａｔａ ｏｆ Ｕｌｍｕｓｐｕｍｉｌａ Ｌ．ｗｅｒｅ ｕｓｅｄ ａｓ ｍａｔｅｒｉａｌｓ ｔｏ ｄｅｖｅｌｏｐ ａｎｄ ｖｅｒｉｆｙ ＥＳＴ⁃ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ ｅｌｍｓ．Ｔｈｅ ａｖａｉｌａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ｐｒｉｍｅｒｓ ｗｅｒｅｃｈｅｃｋｅｄｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｅｌｍｒｅｓｏｕｒｃｅｓ．Ｍｏｒｅｏｖｅｒ，ｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｅｌｍｒｅｓｏｕｒｃｅｓｗｅｒｅａｎａｌ⁃ ｙｓｉｓｅｄ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ ｐｒｉｍｅｒｓ．Ｉｎ ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ，８８２８ ｐｅｒｆｅｃｔ ＳＳＲ ａｎｄ５６９ ｃｏｍｐｏｕｎｄ ＳＳＲ ｌｏｃｉｓｗｅｒｅ ｄｅｔｅｃｔｅｄ ｉｂｐ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆ Ｕｎｉｇｅｎｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓｂｙ ｕｓｉｎｇｔｈｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｄａｔａｏｆ Ｕｌｍｕｓｐｕｍｉｌａ Ｌ．．Ｔｈｅｌｅｎｇｔｈ ｏｆ ｐｅｒｆｅｃｔ ＳＳＲｓｅｑｕｅｎｃｅｗｅｒｅｍａｉｎｌｙｂａｓｅｄｏｎｓｈｏｒｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆ １０～２２ ｂｐ．Ｔｈｅｌａｒｇｅｓｔｐｒｏｐｏ