CAPRI第32_37轮竞赛中蛋白质复合物结构的预测和评估.pdfVIP

第43卷 第12期 北 京 工 业 大 学 学 报 Vol.43 No.12 2017年 12月 JOURNAL OF BEIJING UNIVERSITY OFTECHNOLOGY Dec. 2017 CAPRI第32 ~37 轮竞赛中蛋白质复合物结构的 预测和评估 张大为,许晓双,孔摇 韧,陆旭峰,陆振宇,常摇 珊 (江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所,江苏 常州摇 213001) 摘摇 要:为了探究蛋白质复合物的结构与相互作用,建立了蛋白质的分子对接方法,从2014 年起参加蛋白质复合 物结构预测竞赛的预测和打分竞赛. 该方法首先采用结构模建方法预测单体蛋白质分子的结构,通过快速傅里叶 变换进行全空间构象搜索. 然后,优化蛋白质复合物构象,并采用全原子统计势函数进行评价. 总结第32 ~37 轮 -10 CAPRI竞赛结果发现,该方法在T104、T105、T111和T118 比赛中挑选出了L 小于2郾0 伊10 m 的近天然结构. RMSD 通过对比其他国际优秀课题组的方法,分析预测和打分比赛中取得的成绩和不足之处,并为后续的研究提出了改 进方案与建议. 关键词:蛋白质分子对接;复合物结构预测;打分函数 中图分类号:O641 文献标志码:A 文章编号:0254-0037(2017)12-1828-09 doi:10.11936/ bjutxb2017030029 Protein Complex Structure Prediction and Evaluation in CAPRI Rounds32-37 ZHANG Dawei,XU Xiaoshuang,KONG Ren,LU Xufeng,LU Zhenyu,CHANG Shan (Institute of Bioinformatics and Medical Engineering,School of Electrical and Information Engineering, Jiangsu University of Technology,Changzhou213001,Jiangsu,China) Abstract: To explore protein complex structures and interactions, a protein docking method was proposed,and the prediction and scoring evaluations of CAPRI from 2014 were conducted. Firstly,the structure modeling method was carried out to predict the protein monomer structure,and Fast Fourier Transformation (FFT) was applied to perform the global conformational searching. Then,the protein complex conformations were refined and evaluated by all鄄atom statistical potential function. The summarized resultsfromRounds32-3