代谢网络与流量分析.PDF

系统生物学 (Systems Biology) 马彬广 代谢系统建模 (代谢网络与流量分析) （第八讲） Whole cell metabolism Polymerization and Core metabolism assembly Transport Autocatalytic and regulatory feedback M ∂ 代谢系统建模的一般步骤 ∑ M ∂ 糖酵解的完整模型 ∑ M ∂ 代谢网络的化学计量学分析 ∑  代谢网络模型的基本元件有(1) 物质及其浓度；（2 ）改变物质浓度 的反应或转运过程。  在生物环境中，反应通常由酶来催化，而转运步骤则由转运蛋白或 相关通道来执行。它们可以用相同的模型进行描述。  化学计量学可以分析代谢网络的拓扑结构和稳态特性，研究各成份 和流如何在网络中分布与平衡。 化学计量系数表示反应中底物和产物分子的份数，例如对于如下反应： v  S  S  2P 1 2  v  S 、S 和P的化学计量学系数分别是-1、-1和2，即，1摩尔S 和1摩尔的S 反应， 1 2 1 2 生产2摩尔的产物P；化学计量学系数的赋值不唯一，也可以写成-1/2 、-1/2和1。 对于逆向反应来说，则为1、1、-2 。 dS dS dP 浓度随时间的变化： 1 v 、 2 v 和 2v dt dt dt M ∂ 系统方程 ∑ 对于一个含有m种物质和r种反应的代谢网络，系统的动力学可以由系统方程 （由于要考虑到底物和产物消耗的平衡，也可称为平衡方程）来描述 （Glansdorff和Prigogine 1971；Reder 1988）： dS r i ni, j v j i 1, , m dt j 1 其中，n 为代谢物i在反应j 中的化学计量系数。这里我们假设反应是浓度变化 ij 的唯一原因，没有对流或扩散引起的质量流。如果系统包含有几个间室 (compartment)，上述平衡方程同样适用。在这种情况下，每种组分若处于不 同间室中，则个被视为单独的组分，转运步骤形式上被视为将一个间室中的组 分转换为另一间室中的相同组分的反应。 赋予反应v 中物质S 的化学计量系数n 组成所谓的化学计量矩阵： j