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实用生物信息技术期中考试（三班）
实用生物信息技术期考试院 2007年5月日
得分______________
1. 写出以下UNIX命令：20分）
mkdir keep
cd ppf1
mv seq1.fas keep/
rm *.out
cat hba/hba.lis
tail -5 af164138.gb
chmod –w hba.out
ls –l *.fas
sort insulin.lis
wc table.txt
2. 举例说明10个常用EMBOSS或WebLab命令用法： （20分）
9)
10)
3. 从拟南芥转录因子数据库网站DATF（/）下载SBP家族转录因子SPL1（AT2G47070.1）和SPL3（AT2G33810.1）序列。对两种转录因子蛋白质序列进行相似性比对，将结果填入表中，并进行讨论。用dottup程序比较SPL1全长基因和编码区（CDS）序列，分析SPL1有几个外显子；用同样方法分析分析SPL3有几个外显子。 （10分）
Length Score Identity (%) Similarity (%) Gap (%) neeedle water
4. 用EMBOSS程序包TMAP程序和ExPASy服务器TMHMM和SOSUI分别预测基因（PPF1_PEA) 可能的跨膜螺旋，说明三种方法预测结果差异。 （10分）
No TMAP TMHMM SOSUI
5. 从SwissProt中提取血红蛋白alpha亚基序列（samples/hba/hba207），构建本地BLAST数据库。以人血红蛋白alpha亚基(HBA_HUMAN)为检测序列进行BLAST搜索，找出前5个匹配序列，填入下表。 （10分）
ID Species Length Score E-Value Identity
(%) Positive
(%) Gap
(%)
6. 试述SwissProt数据库中果蝇体节发育相关基因SLIT_DROME序列注释信息。 （10分）
7. 简述你正在研究或最感兴趣的基因或蛋白质并从NCBI、EBI和ExPASy中获取有关信息。 （10分）
名称 研究目的 进展情况 物种来源 生物学功能 表达特异性 PubMed编号(1-5篇) PMC编号(1-3篇) 综述编号(1-2篇) GenBank/EMBL编号 Swiss/TrEMBL编号
交叉链接数据库
序列特征
8. 期中小结 （10分）
1) 简述已经基本掌握的常用方法和软件工具
2) 简述希望掌握的常用方法和软件工具
3) 学习本课程的收获、体会和遇到的困难
4) 对改进本课程教学的意见和建议
1
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