基于Hi-C数据特征的染色体3D结构建模分析Based on the Hi - C characteristics of chromosome 3 d structure mdeling and data analysis.docxVIP

fIIIIJlIIIH[III|IIIII舢IIII Y2565779 华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书 学位论文 是甭保密 否 如需保密，解密时间 年 月 日 独创性声明 本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下迸行的研究工作及取得的研究成果。尽 我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包台其他人已经发表或撰写过 的研究成果，也不包含为获得华中农业大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料， 指导教师对此进行了审定。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中做 了唆确的说明，并表示了谢意． 研究生签名：侮蔫。戈 时闻： ≯，≯年 ‘月 j日 学位论文使用授权书 本人完全了解华中农业大学关于保存、使用学位论文的规定，即学生必须按照学校要 求提交学位论文的印刷本和电子版本；学校有权保存提交论文的印刷版和电子版，并提供 目录检索和阅览服务，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文．本人 嗣意华中农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容， 为存在馆际合作关系的兄弟高校用户提供文献传递和交换服务，同时本人保留在其他媒体 发表论文的权力． 注：保密学位论文(印涉及技术秘密．商业秘密或申请专利等潜在餐要提交保密的论文) 在解密后适用于本授权书． 学位论文作者签名：傅孰或导师签名：劾㈨ 签名日期：弘I￥年6月f日 签名日期：Dl}年多月占日  基于tli．C数据特征的染色体3D结构建模 目录 摘要 ．．i Abstarct．．．．．．．．．．．．．．．．． ．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．． ． ． ． ． ．．．．． ．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．． ．ii 缩略语表 iii 1前言 1 1．1研究问题的由来 1 1．2文献综述 一3 1．2．1 3D基因组研究方法 。3 1．2．2 3D基因组结构剖析 ．．5 1．2．3 3D基因组建模方法 。8 1．3研究目的 ．．9 2材料与方法 1 1 2．1数据来源 1l 2．2数据预处理 11 2．3 AutoChrom3D实现方法 13 2．3．1染色质粗粒化 ．13 2．3．2结构参数的确定 ．13 2．3．3数据评估和过滤 ．14 2．3．4交互强度的修正 ．15 2．3．5空问距离的转化与标准化 ．16 2．3．6 3D染色质结构预测 20 2．4 ENCODE数据处理 20 2．4．1选取的ENCODE数据介绍 20 2．4．2 ENCODE数据处理与归一化 ．21 2．5建模区域的选择与比较 22 3结果与分析 25 3．1测序深度对Hi．C数据的影响 25 3．2选择不同结构参数对染色质结构建模的影响 30 3．3 AutoChrom3D流程总结 30 3．4建模结果的应用 32 4结论 ．39 参考文献 41 附录 。46 致谢 ．．47  基于Hi．C数据特征的染色体3D结构建模 摘要 细胞核功能的行使与细胞核内染色质的三维空间结构密不可分。近年来，基于 染色质构象捕获(chromosome conformation capture，3C)及其衍生技术(例如Hi．C) 使得我们能够在全基因组范围内捕捉不同基因座之问的空间交互。在此基础上，结 合生物信息学方法可以模建染色体的三维空间结构，使得我们对基因组功能与其三 维结构之问的关系有了全新的认识。然而，由于实验技术的局限，目前的染色体结 构建模方法操作繁琐，所得结构分辨率低，不同实验的结果缺乏可比性。我们亟需 开发一种兼备通用性和实用性的建模方法，能够有效地从海量的交互数据里还原出 染色体的三维结构。 为了解决这些三维基因组学中的共性技术问题，我们开发了一种新的建模方法。 该方法考察了Hi．c实验技术的内在因素(如测序深度和噪声)对实验结果的影响， 提出了一种新的归一化参数，通过改进约束优化策略，实现了染色体结构的自动建 模，并提供了网络服务(http：／／ibi．hzau．edu．cn／3dmodel／)。结果表明，对于同一细胞 系的Hi—C数据，使用该方法构建的染色体结构可以用来比较不同染色体区域之间的 结构差异，结合荧光原位杂交(FISH)数据，我们发现FISH活跃区域的染色体三 维空间结构比FISH不活跃区域的结构更开放一些，而且活跃区域的结构的内部空 间距离显著大于不活跃区域。即使Hi—C数据来源不同，用该方法构建的染色体结构 也可以相互比较，建模结果与已有的研究工作(基于5C数据)也很吻合。在此基 础上，通过整合其它组学数据，我们分析了基因组三维空间结构与染色质表观遗传 信号、基因表达之间的关系，从更深层次上(染色体3D结构)诠释了基因转录调 控机制。 关键词：Hi—C；3D基因组；染