第十章微但生物的进化系统发育和分类鉴定000003.pptVIP

第十章 微生物的进化、系统发育和分类鉴定 第三节 微生物分类鉴定的特征和技术 血清学试验、噬菌体分型、生态特性、氨基 酸顺序和蛋白质分析、对细胞壁等细胞成分 的分析比较、通过原核生物的转化、转导、接合来判断原核生物的亲缘关系等等。 第四节 微生物的快速鉴定和自动化分析 1. 微量多项试验鉴定系统 （1）API 20 系统：法国 Bio-梅里埃公司生产，有 20 种不同的生化反应，可鉴定 700 多种细菌，分不同系列，如 20A——厌氧菌，20E——肠道菌 （2）Enterotube 系统：罗氏公司生产，有 15 种生化反应，专门鉴定肠道菌 （3）Biolog 系统：美国安普公司生产，可自动化鉴定，可鉴定 1140 种细菌 本章小结 进化、菌株、模式菌株、培养物、 种（微生物）、 蛋白质和核酸被用作微生物进化谱系分析的原因； 16S rRNA被认为是谱系分析的“分子尺”的原因； 同一个种内的不同菌株G+C含量差别应在4～5%以下； 同属不同种的差别应低于10～15%； G+C含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项 基本特征，它对于种、属甚至科的分类鉴定有重要意义。 若二个在形态及生理生化特性方面及其相似的 菌株，如果其G+C含量的差别大于5%，则肯定 不是同一个种，大于15%则肯定不是同一个属。 在疑难菌株鉴定、新种命名、建立一个新的 分类单位时，G+C含量是一项重要的，必不 可少的鉴定指标。 其分类学意义主要是作为建立新分类 单元的一项基本特征和把那些G+C含 量差别大的种类排除出某一分类单元。 G+C含量的比较主要用于分类鉴定中的否定 2. 核酸的分子杂交 不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映生物之间 亲缘关系的远近，碱基排列顺序差异越小，它们之间 的亲缘关系就越近，反之亦然。 直接分析比较DNA的碱基排列顺序 核酸分子杂交(hybridization)间接比较不同微生物DNA 碱基排列顺序的相似性 （参见P 333） 核酸分子杂交： a）DNA-DNA杂交； （亲缘关系相对近的微生物之间的亲缘关系比较） b）DNA-rRNA杂交； （亲缘关系相对远的微生物之间的亲缘关系比较） c）核酸探针； （利用特异性的探针，用于细菌等的快速鉴定） （参见P 333-334） * 进化(evolution)：生物与其生存环境相互作用过程中， 其遗传系统随时间发生一系列不可逆的改变，在大多 数情况下，导致生物表型改变和对生存环境的相对适应。 今天仍生存在地球上的生物种类， 彼此之间都有或远或近的历史渊源。 最原始的生命 漫长的进化历程 千姿百态的生物种类 系统发育(phylogeny)：各类生物进化的历史。 分类(classification)：根据生物特性的相似程度 将其分群归类。 地球上的物种估计大约有150万，其中微生物超过10万种， 而且其数目还在不断增加。 生物分类的二种基本原则： a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种 表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标； b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系 统发育的分类系统。 从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则 生物系统学(systematics) 第一节 进化的测量指征 70年代以前，生物类群间的亲缘关系判断的主要根据： 形态结构、 生理生化、 行为习性，等等 少量的化石资料 表型特征： 一、进化指征的选择 原核生物的特点： 形体微小、 结构简单、 缺少有性繁殖过程， 化石资料凤毛麟角 b）形态特征在不同类群中进化速度差异很大，仅 根据形态推断进化关系往往不准确； 根据形态学特征推断微生物之间的亲缘关系的缺点： a）由于微生物可利用的形态特征少，很难把所有 生物放在同一水平上进行比较； 虽然根据少量表型特征来推测各类微生物的亲缘 关系而提出的许多分类系统，都随着时间的推移 而不断地被否定了。 六、七十年代： 分析和比较生物大分子的结构特征，特别是 蛋白质、RNA和DNA这些反映生物基因组特征 的分子序列，作为判断各类微生物乃至所有 生物进化关系的主要指征。 分子计时器(molecular chronometers) 进化钟(evolutionary clock) 蛋白质、RNA和DNA序列进化变化的显著特点是进化 速率相对恒定，也就是说，分子序列进化的改变量 (氨基酸或核苷酸替换数或替换百分率)与 分子进化的时间成正比。 1. 生物大分子作为进化标尺依据 a）在两群生物中，如果同一种分子的序列