浅谈系统发育分析及进化树制作.ppt

B. 每组取样重建进化树. 12345 100 1 : AATTT…T 2 : AATTT…G 3 : AACTT…T 4 : AACTT…T 11244 x 12345 100 1 : TTTAT…T 2 : TAACC…G 3 : TAACC…T 4 : TGGGA…T 4 7789…x 12345 100 1 : AGGTA…T 2 : AGGAC…G 3 : AAAAC…A 4 : AAAGG…C 15578… x Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Bootstrap－自展法 * C. 计算各分支出现的可信度 Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 67% 100% In 67% of the data sets, the split between SP1+SP2 and the rest of the tree was found. Bootstrap－自展法 * 得到CA16 VP1序列，利用MEGA软件进行处理和分析序列： 1）用MEGA软件对多序列进行比对，建立MEGA软件构建进化树的数据格式（两端对齐，fasta格式输出）； 2）用N-J法构建基因进化树； 3）对所构建的进化树进行加工处理。 实例讲解： （建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * 实例讲解：（建立肠道病毒CA16 VP1的基因树） * * * 体会： 1、用什么方法建树。 2、定立标准：想建成什么样的树、树的分类情况如何、标准是什么。 3、建树过程：要注意标准株的组合，所构建的树是否需要有根，如何定立外群。 * 2、定立标准： Feb. 2010, JCM 2010：619-622 Apr. 2011, JCM 2010： 1659–1661 * 3、建树过程： * 谢谢！ 距离没有意义 系统进化树 * 怎样确定树根？ 无根树：只表明序列间的差异 有根树：表明序列间的差异，同时表明进化的方向 系统进化树 * * 树的构建涉及到复杂的数理计算过程。并且DNA序列和氨基酸序列数目又是非常庞大的。因此，简单的通过人工手动计算显然是不现实的。因此，计算生物学家基于进化树构建的基本原理开发了一系列的生物信息学软件用于进行生物进化分析具体来讲就是系统进化树的构建。 浅谈系统发育分析及进化树制作 郭勇晖 2012.11.6 人类偏肺病毒的确认 Phylogenetic analysis of ORFs of hMPV 黄 病 毒 家 族 乙型脑炎病毒 黄热病毒 Phylogenetic analysis of SARS proteins. Unrooted phylogenetictrees were generated by clustalw 30 MAY 2003 VOL 300 SCIENCE:1399-1404 SARS新型冠状病毒“新”在哪里？ 达卡尔蝙蝠黄病毒 * 分子系统发育分析 系统发育分析是研究物种进化和系统分类的一种方法，研究对象为携带遗传信息的生物大分子序列，采用特定的数理统计算法来计算生物间的生物系统发生的关系。并用系统进化树来概括生物间的这种亲缘关系。 * 系统发育进化树（ Phylogenetic tree) 用一种类似树状分支的图形来概括各种生物之间的亲缘关系。 系统进化树的主要构成： 结点（node)：每个结点表示一个分类单元（属、种群）。 进化分枝(Clade)： 是指由同一生物进化而来的单一系统群。 实体抽象为节点，实体间的进化关系抽象为连接 研究对象： 包括基因序列，基因组的排列